Как же вели себя македоняне в Персеполе? Сведения, сохранившиеся на этот счет у греческих источников, разноречивы. Повидимому, город был отдан на разграбление солдатам. Во-первых, надо было дать как следует поживиться македонянам. До сих пор Александр старался сдерживать их грабительские инстинкты, так как захваченные области были не персидскими, и по отношению к их населению нужно было вести очень мягкую политику. В Персиде дело обстояло иначе. Это была коренная персидская страна, страна господствующего племени, с которым македоняне вели войну. С другой стороны, разграбление Персеполя могло иметь в некотором роде символическое значение. Официальной программой восточного похода, выдвинутой еще Филиппом, было «отмщение» персам за те опустошения, которые они причинили Греции во время похода Ксеркса. Это был официальный лозунг, рассчитанный, главным образом, для греческого общественного мнения. Настоящие причины и цели похода, как мы видели, были совершенно иные. Тем не менее Александр при всяком удобном случае подчеркивал этот момент. Поздний греческий историк Арриан, наш главный и лучший источник по истории Александра, рассказывает, что македонскй царь, заняв Персеполь, приказал сжечь царский дворец (повидимому, дворец Ксеркса). Парменион возражал против такой меры, приводя ряд доводов. Для чего уничтожать добро, говорил он, которое перешло теперь в твои руки? Кроме этого, ведь ты явился в Азию не в качестве простого захватчика. Для того, чтобы создать здесь прочную власть, такой путь, путь насилий не годится. Александр ответил, что он хочет отомстить персам за разрушение Афин, сожжение храмов, за все те несправедливости и обиды, которые они совершили при своем вторжении в Грецию. Арриан, таким образом, рисует сожжение дворца, как сознательную политическую меру Александра.
Другие источники изображают дело несколько иначе. По их словам, в царском дворце македоняне устроили пир с греческими гетерами, приехавшими вместе с войском. Одна из них, красавица Таис, афинянка родом, в разгар пира воскликнула, что она, наконец, дождалась того дня, когда может отмстить надменным персидским царям, отмстить самому Ксерксу, разрушившему Афины. Схватив факел, она призывала поджечь дворец. Увлеченный ее словами, пылкий Александр и другие македоняне вскочили с мест, рассыпались по дворцу и стали его поджигать..
Этот второй вариант предания очень подозрителен вследствие своих неправдоподобных деталей, рассчитанных на то, чтобы произвести впечатление на читателя. Рассказ Арриана производит впечатление более достоверного и, повидимому, ближе к истине.
В Персеполе Александр пробыл зиму 331/330 г., совершив только несколько коротких экспедиций в различные части Персиды. В это же время он получил из Македонии хорошие известия. Почти весь 331 г. прошел в Греции очень неспокойно. На этот раз во главе антимакедонского движения стал спартанский царь Агис. Весной 331 г. ему удалось поднять против Македонии почти всю южную Грецию. У Антипатра первое время руки были связаны восстанием македонского наместника во Фракии. Только ликвидировав это восстание, Антипатр мог бросить все свои силы против Спарты. Агис оказался изолированным на юге, так как средняя Греция и, в частности, Афины его не поддержали. Осенью 331 г. около города Мегалополя произошла битва, в которой войска Агиса были разбиты и сам он погиб. После этого в Греции окончательно наступило спокойствие, не нарушавшееся до самой смерти Александра.
Ранней весной 330 г. македонские войска покинули Персеполь. К северо-западу от него, далеко в горах Мидии, находилась третья столица Дария, Экбатаны (теперь Хамадан). Это была летняя резиденция персидских царей. Туда персидский двор обычно переезжал на летние месяцы, спасаясь от невыносимой жары, стоявшей на юге страны — в Сузах, Персеполе. В Экбатанах в данный момент находился Дарий, бежавший туда после Гавгамел. Первое время он, повидимому, еще собирался продолжать борьбу, произведя новый набор. Кроме этого, он надеялся, что македоняне надолго застрянут в Вавилоне и Сузах и, быть может, вообще не пойдут дальше. Но скоро эти надежды исчезли. Новый набор ничего не дал, а Александр, захватив Персеполь и пробыв там месяца три, пошел на Экбатаны.
Дарию оставалось только одно: отступать еще дальше на восток. Отправив вперед свой обоз, он за несколько дней до прибытия Александра двинулся в северо-восточном направлении в сопровождении своей свиты и нескольких тысяч конных и пеших воинов.