В октябре 1940 года Л. М. Галлер был назначен заместителем Наркома по кораблестроению и вооружению. Вместе с наркомом ВМФ адмиралом Н. Г. Кузнецовым Л. М. Галлер разработал и внедрил в жизнь систему оперативных готовностей, которая строилась по новому Боевому Уставу Морских Сил (БУМС-37). Флот встретил Великую Отечественную войну более подготовленным и организованным, нежели другие виды Вооруженных Сил. Рискуя карьерой, а, возможно, и жизнью, вопреки указанию вышестоящих начальников, Н. Кузнецов отдал приказ о начале боевых действий в случае нарушения немцами морских и воздушных границ в зоне ответственности флота. Благодаря этому в первые дни войны не было потеряно ни одного корабля.
В годы войны Лев Михайлович занимался самыми острыми проблемами флота. Это борьба с неконтактными минами, судоремонт и перевод кораблей с Тихого океана на Северный флот. В 1943 году под его руководством началась приемка кораблей от США и Англии, а также подготовка там наших экипажей. Большое место в его деятельности занимали непростые проблемы, связанные с получением боевых кораблей и вооружения по программе «ленд-лиза» у союзников, координацией совместных усилий по созданию новых образцов вооружения, обменом информацией в этой области.
По окончании войны надо было восстанавливать военно-морские базы и судоремонтные заводы, приступать к ликвидации минной опасности на всех наших морях. Разработанный под руководством Н. Г. Кузнецова и Л. М. Галлера проект послевоенной программы кораблестроения на 1946—1955 год был представлен правительству 25 августа 1945 года. Он предусматривал строительство авианосцев как основной силы надводного флота и разработку новых проектов всех классов кораблей с учетом особенностей современной войны на море. Однако министерство судостроения не поддержало проект.
В 1946 г. Л. М. Галлер был снят с должности зам. наркома ВМФ по кораблестроению и вооружению и в 1947 году назначен начальником ВМА кораблестроения и вооружения им. А. Н. Крылова.
Вскоре последовал донос капитана 1-го ранга В. Алферова, сотрудника одного из военных научно-исследовательских институтов. Честолюбивый доносчик обратился с письмом лично к Сталину, сообщая о том, что по указанию руководства ВМФ союзникам во время войны была передана секретная авиационная торпеда, и, тем самым, был нанесен ущерб обороноспособности страны. Письмо попало к Берии и Булганину.
19 декабря 1947 года адмирал флота Н. Г. Кузнецов, адмиралы Л. М. Галлер и В. А. Алафузов, вице-адмирал Г. А. Степанов были обвинены в том, что во время войны передали Англии и США военную информацию, утратив бдительность, раскрыли «секреты» минного вооружения советского флота. Состоялся показательный «суд чести», который на флоте окрестили «судом без чести», а затем дело было передано в Военную коллегию Верховного суда СССР. Обвиняемые держались с достоинством, старались своими показаниями помочь друг другу. Лев Михайлович, взяв вину на себя, заявил, что допустил политическую ошибку.
В итоге, адмиралы В. А. Алафузов и Г. А. Степанов получили по 10 лет лишения свободы, Но Кузнецов был фигурой слишком известной в мире, поэтому «учитывая его большие заслуги в прошлом» его разжаловали до звания контр-адмирала без уголовного наказания.
А Лев Михайлович Галлер, несмотря на заслуги перед страной, отмеченные 3 орденами Ленина, 4 орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды, 2 орденами Ушакова 1 степени (самой почетной военно-морской наградой); медалями; польским орденом «Крестом Грюнвальда I степени»; орденами Российской империи: «Орденом Святого Станислава II степени», «Орденом Святой Анны III степени», «Орденом Святого Станислава III степени», был осужден 10 февраля 1948 года. Он был лишен звания, наград и приговорен к тюремному заключению сроком на 4 года. Содержался он в казанской тюрьме в общей камере с уголовниками. Все случившееся глубоко потрясло 65-летнего старого моряка. Вскоре у него начался туберкулез, а затем не выдержала и психика. 12 июля 1950 года он умер.
Известно, что Л. М. Галлер похоронен на Арском кладбище в Казани, но место его захоронения не найдено. В 1999 году на Арском кладбище в торжественной обстановке был установлен памятник на символической могиле.
13 мая 1953 года Л. М. Галлер был полностью реабилитирован и восстановлен в звании адмирала, посмертно.
Казалось бы, в судьбе Льва Михайловича Галлера не было ярких героических подвигов, но вся его жизнь — это настоящий подвиг служения Родине. Его талантом и самоотверженным трудом к 1941г. был создан сильный ВМФ СССР. Многое он успел сделать для флота и после войны.
Человек чести, безукоризненных моральных принципов, самоотверженного труда, бесконечной преданности делу таким был Л. М. Галлер и таким останется в нашей памяти.
