Силы люфтваффе, выделенные для вторжения в Польшу, имели 1, 26, 27 и 1-ю (инструкторскую) бомбардировочные эскадры в составе 1 -го воздушного флота на севере и 4-ю эскадру в 4-м воздушном флоте на юге. Не 111 из KG 1 бомбили береговые объекты польского флота уже в первое же утро боевых действий. Группы этой эскадры позже совершали дальние рейды на восток до Вислы, а в течение второй недели они были переведены в состав 4-го воздушного флота. 26-я бомбардировочная эскадра недолго участвовала в польской компании, и была переброшена на северо-запад Германии для действий против британского флота. 27-я эскадра подняла свои самолеты в воздух еще в мирное небо, чтобы после 750-км полета бомбить Варшаву, вскоре вслед за налетом самолетов LG 1 из Восточной Пруссии. Обе эскадры активно действовали всю компанию. 1 -я и 3-я группы 4-й эскадры из состава 4-го воздушного флота, базировавшегося в Силезии, бомбили в первый день войны Краков, а 2-я группа – аэродромы под Львовом.
Хотя результаты, достигнутые во время польской компании, были довольно высокими, но и потери были больше, чем ожидалось – 78 сбитых двухмоторных бомбардировщиков для такой скоротечной компании ясно указывали на слабое оборонительное вооружение.
К середине сентября две группы KG 26 были перебазированы на северо-запад Германии в состав 10-ой воздушной дивизии, главной задачей которой стала борьба с британским флотом и налеты на Британию через Северное море. С конца месяца группы стали использоваться против кораблей, а в октябре совершили первый налет на Англию, атаковав Фирс-оф-Форс и Скапа-Флоу. Первым самолетом люфтваффе, сбитым над Британией, стал Не 111Р из штаба KG 26, совершивший вынужденную посадку у Далкейса 28 октября 1939 г.
Для вторжения в Данию и Норвегию – операция "Везерюбунг" – были задействованы 4-я эскадра в Фассберге, Люнеберге и Рерлеберге, 26-я эскадра в Любеке и Марксе и 100-я бомбардировочная группа в Нордехольце. Первоначально эти части держались в резерве или выполняли демонстрационные полеты над Кристиансадом, Эгерсундом, Ставангером и Бергеном, поддерживая немецкие воздушные и морские десанты. Одновременно эскадрильи KG 4, 26 и KGr.100 бомбили аэродром Осло-Кьеллер, батареи ПВО в Гольшенколлене, береговые батареи на островах в Осло-фиорде.На следующий день 41 Не 111 из KG 26 вместе с 47 Ju 88А из KG 30 атаковали английский флот у Бергена, повредив крейсера "Деваншир", "Глазго" и "Соузэмптон" и потопили эсминец "Гуркха". 10 апреля 26-я эскадра перегнала свои Не 111 на базы в Норвегии, откуда они поддерживали наступление вермахта, а после завершения "Везерюбунга" в составе 5-го воздушного флота участвовали в "битве за Англию", совершая налеты на северо-восток Британии через Северное море.
С началом вторжения в нейтральные страны и во Францию 10 мая 1940 г 2-й и 3-й воздушные флоты имели 1120 двухмоторных бомбардировщиков, половина из которых были Не 111. В то же время две группы LG 1 приступили к перевооружению на Ju 88А, но третья группа сохранила 36 Не 111. Обе 4-я и 51 -я эскадры были также в процессе перевооружения на Ju 88А. В первой две группы имели 80 Не 111, а во второй одна группа – 42 Не 111. Полностью вооруженными на Не 111 оставались KG 1 с 98 самолетами, KG 26 (в Норвегии) с 99 самолетами, KG 27 с 106 самолетами, KG 53 со 112 самолетами, KG 54 со 110 самолетами и KG 55 со 108 самолетами. Кроме того 100-я бомбардировочная группа имела 27 "охотников" Не 111, 126-я группа имела 32 минных заградителя Не 111, а 120, 121 и 122-я группы дальней разведки использовали Не 111 вместе с Do 17 и Ju 88.
К 13 августа 1940 г – к началу операции "Адлертаг", полностью вооруженными на Не 111 остались только четыре эскадры – KG 26, базировавшаяся все еще в Норвегии, KG 27 в Турое, Динарде и Реинесе, KG 53 в Лилле-Норде, KG 55 в Шартре, Дреу и Виллакублэ. 3-я группа 1-й эскадры перевооружался на Ju 88А, KG 51 была полностью перевооружена на Ju 88А. На них были перевооружены 1-я и 2-я группы KG 54, а третья была в процессе перевооружения. После нескольких небольших налетов 15 августа состоялся первый массированный налет с участием 72 Не 111Н-4 из I и II1/KG 26 из Ставангера. Их целью были аэродромы английских ВВС в Дишфорсе, Ульсворсе и Линтон-на-Оуси. Их прикрывали Bf 110 из I/ZG 76. Из-за навигационной ошибки на цель они не вышли, а из 63- самолетов, пересекших береговую черту 8 были сбиты.
Дневные налеты Не 111 продолжались, несмотря на тяжелые потери, но к середине сентября они достигли такой цифры, что пришлось.менять тактику. С 16 сентября Не 111 были в основном нацелены на ночные налеты. В ночь на 14 ноября состоялся первый налет двух эскадрилий 100-й группы с использованием метода наведения по радиолучу. Не 111Н-2 из K.Gr.100 были оснащены "Х-гератен" – приемниками высокочастотных сигналов с передатчиков "Кникебейн" на французском побережье, направлявших узкий луч (в данном случае на Ковентри). Одновременно две группы KG 4, сохранившие Не 111, были задействованы для минирования маршрутов морских конвоев.
