Перед этим в школе бомбометания в Гроссенброде были проведены напряженные испытания всех немецких бомбардировщиков с целью определения наиболее пригодного на роль торпедоносца. Потом испытания были продолжены на побережье Италии в Гросето. В результате был выбран Не 111H. Соответственно варианты боевой нагрузки на Не 111Н-6 были расширены и включали пару 765-кг торпед LTF5b на держателях PVC. Двигатели стали Jumo 211F-1, как на Н-4 последних серий. Вооружение Не 111Н-6 было дополнено по образцу Н-2 стреляющей вперед 20-мм пушкой MF FF. Некоторые йашины получили пулемет MG 17, устанавливаемый в хвостовом конусе. На некоторые ставились трубы сброса гранат, которые, ожидалось, должны были взрываться на пути атакующего истребителя, впрочем эффективность была почти нулевой.
Не 111Н-6 быстро стал наиболее широко используемой моделью бомбардировщика "Хейнкеля". Он вскоре появился практически на всех фронтах воздушной войны. Популярный среди экипажей, с отличной управляемостью и маневренностью, этот самолет был чрезвычайно широко используемой и универсальной в боевом применении машиной. Хотя в начале 1942 г было запланировано запустить в производство вместо Не 111Н-6 новый тяжелый бомбардировщик Не 177А и средний Ju 288, неудача с обоими самолетами заставила продолжить выпуск Не 111Н, несмотря на его быстрое старение. Самолет был хорошо освоен производителями и требовал небольших трудозатрат и расхода материалов, был удобен в обслуживании. Он был вполне удовлетворителен на Восточном фронте, где ему противостояли сравнительно слабые силы ПВО, хотя недостаток дальности полета не позволял использовать бомбардировщик против стратегических целей в глубине Советского Союза.
Кроме обычных бомб, мин, торпед, определенные надежды с Не 111Н-6 связывались с использованием управляемого оружия, вроде управляемых по радио бомб "Фриц"-Х для поражения защищенных целей, планирующей бомбы "Блом унд Фосс" BV 246 "Хагелькорн" и планирующих торпед L 10 "Фридензенгель". Весной 1942 г несколько Не 111Н-6 получили передатчик системы наведения FuG 203 "Киль" и использовались для испытания FX 1400 ”Фриц”-Х в Феджиа, на юге Италии. Несмотря на определенный успех, "Хейнкель" оказался не очень подходящим носителем нового оружия и никогда практически не использовался для этих целей. Другие Не 111Н-6 получили радиовысотомеры FuG 103 для испытаний планирующих бомб BV 246 "Хагелькорн". Испытания были продолжены с "Ангелом мира" (Friedensengel) – дополнительным оперением и крылом для торпеды, но так же, как в случае с "Фриц"-Х, дальше экспериментов дело не пошло.
К этому времени, после некоторых второстепенных изменений, вносимых прямо на сборочных линиях или на ремонтных заводах, появились модификации Не 111Н-7 и Н-9, отличавшиеся от Н-6 главным образом составом оборудования. Н-8 был модификацией ранее выпускавшихся Н-3 и Н-5. Аэростаты заграждения, прикрывавшие индустриальные центры Британии, создали серьезную помеху для нанесения точных бомбардировочных ударов с малых высот. Было решено создать специальный самолет с устройством "траления" тросов аэростатов заграждения, который бы посылался вперед для очистки неба на пути других бомбардировщиков. В результате Не 111Н-8 был снабжен параваном, выступающим перед фюзеляжем, идущим вдоль всего размаха крыла и снабженным резаками. Все это сооружение весило 250 кг, что потребовало разместить в хвосте такой же противовес. В результате резко сократилась боевая нагрузка Не 111Н-8, а летные данные из-за большего воздушного сопротивления снизились. Так что уже после нескольких боевых вылетов, оставшиеся из 30 переоборудованных самолетов были переделаны в буксировщики планеров Не 111 Н- 8/R2.
Не 111H-16
Н-11
Н-12
Н-16
Н-18
Н-21
Следующей серийной модификацией стал Не 1 ПН- 10 с внешними подвесками по типу Н-6, с установкой в носу 20-мм пушки MG FF, а спереди нижней гондолы – MG 15. Бронирование экипажа было улучшено. В кромке крыла были установлены "куто-назе" – резаки тросов аэростатов заграждения. Не 111Н-10, как и последующий Не 111Н-11, оснащался двигателями Jumo 211F-2. Не 111Н-11 отличался дальнейшим усилением бронезащиты и оборонительного вооружения. Сначала верхняя стрелковая установка была полностью закрыта и защищала стрелка прозрачной броней, а затем 7,9-мм пулемет MG 15 заменили на 13-мм MG 131. Пулемет в нижней гондоле заменили спаркой MG 81. Было установлено еще несколько бронеплиток (в чрезвычайном случае их можно было выбросить). Под фюзеляжем была установлена дополнительная панель с держателями.на пять 250-кг бомб. В дальнейшем оборонительное вооружение было усилено заменой боковых MG 15 спарками MG 81Z (модификация Не 111H-11/R1). Вариант буксировщика планеров назывался Не 111Н-11 /R2.