Поражение союзников предопределили два фактора — военный и политический. С самого начала ими была сделана стратегическая ошибка: в Вене решили, что главным театром военных действий снова будет Италия, и сосредоточили там основную часть австрийских войск под началом эрцгерцога Карла. Тот одержал победу над французами у Кальдьеро, но она оказалась бесполезной в стратегическом смысле. Между тем Наполеон свернул Булонский лагерь, где его армия готовилась к вторжению на Британские острова, и быстрым маршем двинулся через Германию к австрийским границам. Здесь вступил в действие политический фактор, неблагоприятный для антифранцузской коалиции: в Германии у нее не оказалось союзников; Пруссия сохраняла нейтралитет, а южногерманские государства (Бавария, Баден и Вюртемберг) встали на сторону Наполеона.
19 октября 1805 г. император французов удачным маневром окружил и вынудил капитулировать под Ульмом 35-ты-сячную австрийскую армию генерала Мака. Месяц спустя Наполеон занял Вену; основные силы австрийцев отступили на северо-восток для соединения с русскими войсками. Впервые За более чем 300 лет, со времен венгерского короля Матиаша Корвина, габсбургская столица покорилась иностранному завоевателю. Однако надежды на успех у союзников еще сохранялись — и были развеяны лишь 2 декабря, когда под Аустерлицем (ныне Славков на юге Чехии) Наполеон нанес им сокрушительное поражение.
На второй день Рождества 1805 г. Австрия подписала Пресбургский (Братиславский) мир, условия которого были еще более тяжелыми, чем положения договоров в Кампо-Формио и Люневиле. Император Франц уступал Итальянскому королевству (то есть Наполеону) Венецию, Истрию и Далмацию, Баварии — Тироль, Бадену и Вюртембергу — ряд небольших владений в Германии. Корона «Священной Римской империи», которую он формально все еще носил, окончательно стала лишь горьким напоминанием о былом могуществе и славе. Но впереди монархию ждали еще более трудные времена.
После Аустерлица в отставку были отправлены главные инициаторы и проводники прежней политики во главе с министром иностранных дел Кобенцлем. Новым руководителем австрийской дипломатии стал граф Иоганн Филипп фон Штадион. Снова укрепилось и положение эрцгерцога Карла, которому было присвоено звание генералиссимуса и даны неограниченные полномочия в области военного строительства. Карл реорганизовал систему подготовки офицеров, ввел в австрийской армии новый устав, способствовал подъему военного образования, много занимался вопросами перевооружения войск (последнее, впрочем, осложнялось финансовыми трудностями монархии).
Тем временем Наполеон продолжал перекраивать карту Европы. Политика императора французов вступила в новую, династическую фазу. Членам клана Бонапартов раздавались короны зависимых от Франции государств: старший брат императора Жозеф стал королем Неаполя, младший Луи — голландским королем, сестра Каролина и ее муж Иоахим Мюрат получили герцогство Бергское на западе Германии и т. д. Династические замыслы Наполеона дополнялись желанием поставить на колени Англию, для чего ему была необходима экономическая изоляция непокорного острова. Для этого нужно было завершить «реконструкцию» Германии, окончательно подчинив ее французскому влиянию. Здесь на пути Бонапарта встала Пруссия.
