Непоследовательная политика короля Фридриха Вильгельма III, который то флиртовал с Наполеоном, то находился на грани войны с ним, излишняя самоуверенность прусской патриотической партии во главе с королевой Луизой, чрезмерные надежды, возлагавшиеся в Берлине на недавно заключенный союз с Россией, — все это привело к тому, что Пруссия выступила против Наполеона в самый неподходящий момент и фактически в полном одиночестве (русские войска на первом этапе войны не успели оказать ей поддержку). 14 октября 1806 г. французы в «битвах-близнецах» при Иене и Ауэрштедте разнесли прусскую армию в пух и прах. Наполеон вступил в Берлин, и с Пруссией было бы покончено, если бы Россия не выполнила свои союзнические обязательства, начав войну против Франции. Кровопролитная кампания 1807 г. завершилась победой Наполеона при Фридланде, после чего на плоту посреди Немана у селения Тильзит русский и французский императоры заключили мир, фактически разделивший континентальную Европу на сферы влияния двух империй. Пруссия благодаря заступничеству Александра I сохранилась как независимое государство, но в сильно урезанном виде и с армией, численность которой была ограничена 42 тыс. человек. Клан Бонапартов радовался новому приобретению: специально для младшего из братьев, Жерома, из отрезанных от Пруссии западных провинций между Эльбой и Рейном было создано королевство Вестфалия.
Еще до разгрома Пруссии под покровительством Наполеона был создан Рейнский союз, в который вошли 16 князей, объявивших о выходе из состава «Священной Римской империй». Франц II/I вынужден был смириться с гибелью древнейшего государственного образования Европы и торжественно сложить с себя титул и корону римско-германского императора. Это произошло 6 августа 1806 г. Интересно, что Империя, просуществовавшая (если вести отсчет от Карла Beликого) более тысячи лет, была оплакана очень немногими современниками. Ее формальное упразднение стало лишь окончанием долгой агонии, начавшейся после Вестфальского мира 1648 г. Сожаления, звучавшие в связи с концом империи в 1806 г., были связаны главным образом с обстоятельствами ее окончательного крушения. Австрийский посланник при рейхстаге в Регенсбурге Фаненберг так писал об этом: «Низко, очень низко во всех отношениях пала старая добрая Германия, которая, будучи единой, смогла дать отпор даже римлянам; теперь, уступив розни интересов, она пала столь низко».
Однако призрак империи будоражил умы немцев на протяжении последующих десятилетий. Она жила в их памяти как воспоминание — или напоминание? — о нереализованных возможностях, о несостоявшемся объединении, и уже скорее как миф, чем реальное историческое явление, способствовала подъему немецкого национализма в XIX столетии. События и персонажи из истории погибшей империи нередко служили приверженцам различных националистических течений Германии для подтверждения верности собственных идеологических построений. Так, национал-либералы видели для себя образец в германизаторской политике Иосифа II и либеральном наследии Леопольда II. Прусская же официальная пропаганда эпохи Бисмарка и объединения Германии «железом и кровью» апеллировала к средневековой истории, проводя, например, параллель между «императором Рыжая Борода» — Фридрихом Барбароссой и «императором Белая Борода» — Вильгельмом I Гогенцоллерном как символами былого и нынешнего единства и могущества германского рейха. Как бы то ни было, для Габсбургов отказ от римско-германского императорского титула и сопряженного с ним, пусть даже чисто формального, звания первого монарха Европы означал в первую очередь «завершение строительства Австрийской империи и отказ от старых универсалистских обязательств»
