Главной ареной сражений стала Венгрия, где счастье попеременно улыбалось обеим сторонам. Армия Рудольфа II взяла крепости Дьёр и Эстергом, отбила у врага Пешт, однако Буда осталась в руках османов. К тому же венгерская шляхта снова разделилась на два лагеря — сторонников и противников императора, что было вызвано не в последнюю очередь суровой антипротестантской политикой имперского правительства. Мятежники провозгласили венгерским государем богатого землевладельца Иштвана Бочкая, который начал упорную борьбу против Рудольфа. Между тем войска султана опустошали Хорватию и придунайские области. Сложилось, по сути дела, патовое положение, и в 1606 г. с турками и венграми был заключен мир.
Венское соглашение с венгерскими повстанцами гарантировало дворянам и горожанам Венгрии, а также пограничной страже, охранявшей рубежи габсбургских земель от турок, свободу вероисповедания. Были подтверждены основные привилегии венгерского дворянства, обещано расширение прав королевского совета и восстановление в Венгрии должности канцлера. Трансильванское княжество признавалось независимым. Иногда Венский мир даже называют прототипом дуалистического компромисса (Ausgleich) 1867 г. В этом есть некоторое преувеличение, но, как бы то ни было, Венгрия получила особый статус в рамках империи Габсбургов — и, хотя этот статус в XVII столетии неоднократно нарушался, прецедент был создан. Отныне Венгрия, точнее, дворянство как ведущий в политическом отношении слой венгерского общества, имела юридически закрепленное признание собственной
В первые годы XVII в. вновь обострились религиозные противоречия в империи. Аугсбургский мир 1555 г. был лишь временным компромиссом, поскольку не обеспечивал ни подлинной религиозной свободы, ни постоянных границ между соперничающими конфессиями в империи. Принцип cujus regio, ejus religio не исключал возможности перехода имперских князей из одного вероисповедания в другое, и такие случаи, становившиеся все более частыми, нарушали хрупкое политическое равновесие в Германии. Кроме того, Аугсбургский мир учитывал интересы католиков и лютеран, но не кальвинистов, которых в империи становилось все больше — в том числе и среди владетельных особ. Наконец, вымирание династий, правивших в тех или иных княжествах, вызывало споры о наследстве, в которых интересы католической и протестантской партий также сталкивались. Происходила концентрация сил враждующих группировок: были созданы протестантская Уния (1608) и католическая Лига (1609). Лидером первой стал курфюрст Фридрих Пфальцский, второй — герцог Максимилиан Баварский.
Пассивность Рудольфа II, сомнения в его душевном здоровье и опасения за судьбу не только империи, но и наследственных владений Габсбургов подтолкнули родственников императора к действиям. В австрийском доме случилось нечто из ряда вон выходящее: младшие члены семьи объединились Против ее главы. В апреле 1606 г. в Вене собрались братья императора, эрцгерцоги Матиас (наместник в Австрии) и Максимилиан, а также Фердинанд и Максимилиан Эрнст, представлявшие штирийских Габсбургов. Было подписано тайное соглашение, в котором остальные члены семьи признавали Матиаса главой рода вместо Рудольфа.
