Матиас был самым честолюбивым из сыновей Максимилиана II. По завещанию отца все наследство досталось старшему — Рудольфу, и Матиас долгое время добивался у брата какой-нибудь значительной должности. В 1578 г. он даже пустился на авантюру, бежав в Нидерланды, где сторонники независимости подняли восстание против испанского владычества. Генеральные штаты — сословное собрание Нидерландов — провозгласили молодого Габсбурга штатгальтером (высшим должностным лицом). Однако лишенный политических дарований эрцгерцог стал игрушкой в руках противоборствующих группировок и через три года бесславно вернулся в Вену, где выслушал от брата-императора немало гневных упреков. Отношения Матиаса с Рудольфом II с той поры были испорчены. Тем не менее в конце 90-х гг. император назначил брата наместником в Австрии и несколько раз поручал ему командование войсками, сражавшимися против турок. Лавров на этом поприще Матиас, впрочем, тоже не сыскал. Большинство историков считает Матиаса одним из наименее одаренных Габсбургов. Некоторые историки полагают, впрочем, что Матиас был скорее фигурой трагической. Обладая определенными способностями и большим честолюбием, он умело плел интриги и в конце концов добился вожделенной власти, однако впоследствии оказался слишком слабым для того, чтобы противостоять могущественным религиозно-политическим группировкам и предотвратить их столкновение, переросшее во всеевропейскую войну.
Властолюбивому эрцгерцогу приходилось изворачиваться, стремясь угодить как католической партии, душой которой были штирийские Габсбурги, так и протестантам, на помощь которых Матиас рассчитывал в борьбе против императора. Ближайший советник эрцгерцога, кардинал Мельхиор Клезль, которому Контрреформация была обязана многими успехами, предостерегал своего господина против чрезмерного сближения с протестантами. Сам Матиас, при всем его легкомыслии, тоже не мог не понимать, что предоставление больших вольностей сословиям неизбежно аукнется ему после того, как Рудольф II будет устранен и высшая власть окажется в его, Матиаса, руках. Видимо, этими соображениями были вызваны колебания эрцгерцога, который только в 1608 г. решил пойти на открытый разрыв с братом. Начавшаяся война оказалась недолгой. Рудольф был вынужден пойти на компромисс и передать Матиасу в суверенное владение Верхнюю и Нижнюю Австрию и Моравию. Чехи остались верны императору, который подтвердил привилегии их сословий специальным манифестом (Majestat, 1609). Однако эти уступки были вынужденными, и Рудольф не переставал мечтать о реванше. Возможность отомстить и брату, и подданным представилась императору в начале 1611 г., когда один из родственников Рудольфа, эрцгерцог Леопольд, предоставил в его распоряжение свою армию, набранную им первоначально для войны за юлихклевское наследство. Наемники Леопольда («воинство из Пассау») вторглись в Чехию, заняли Прагу и подвергли город и окрестности страшному грабежу.