Дополнительную остроту в дискуссию по вопросам банковской реформы вносили прения между руководством Центрального банка и депутатами Государственной Думы. Сначала депутаты не согласились назначить для проведения аудита Центрального банка за 2000 год компанию "PricewaterhouseCoopers", которая занималась этим уже несколько лет подряд, а затем выдвинули дополнительные требования. Дума настаивала на том, чтобы выигравшая конкурс аудиторская компания "Делойт и Туш СНГ" не ограничилась технической проверкой бухгалтерской документации Центрального банка, но и проверила бы, насколько главный банк страны придерживался основных направлений кредитно-денежной политики, провозглашенной на 2001 год. Поскольку действующее законодательство не позволяло депутатам добиться от Центрального банка нужных им данных, профильные комитеты Государственной Думы приступили к проработке вопроса о внесении в закон "О Центральном банке РФ (Банке России)" жестких, регламентирующих поправок.
В частности, депутаты намеревались укрепить статус Национального банковского совета (НБС), передав ему часть функций, которые выполнял Совет директоров Центрального банка: утверждение капитальных вложений, административно-хозяйственных расходов и расходов на содержание и обеспечение служащих. Национальный банковский совет также предполагалось наделить полномочиями наблюдательного органа, который вправе запрашивать и рассматривать информацию Совета директоров по основным вопросам деятельности Центрального банка, участия в капиталах кредитных организаций, утверждать правила бухучета и инициировать проверку деятельности Центрального банка Счетной палатой РФ. Кроме того, одной из поправок вводилась должность председателя Комитета банковского надзора и определялась его персональная ответственность.
В поправках к действующему закону о Центральном банке — и это очень важно! — устанавливалось ограничение на проведение территориальными органами Центрального банка проверок кредитных организаций: не более одной по одному вопросу за отчетный период; глубина проверки не могла превышать пять лет. Повторные проверки допускались только при реорганизации или ликвидации банка. 5 июля 2000 года Государственная Дума приняла поправки к закону о Центральном банке в первом чтении. Авторами законопроекта были депутаты П.А.Медведев, В.П.Никитин, А.М.Макаров и Н.Н.Савельев. Президент В.В.Путин высказался в поддержку концепции законопроекта, после чего ко второму чтению была подготовлена фактически новая его редакция, составленная из поправок депутатов М.М.Задорнова и М.Л.Шаккума. Законодатели проработали над законом о Центральном банке целый год. В то же самое время Правительство и Центральный банк готовили поправки к законам "О банках и банковской деятельности" и "О банкротстве кредитных организаций". Эти три закона получили в банковском и экспертном сообществе название "пакета МВФ". 19 апреля 2001 года Государственная Дума приняла их во втором чтении. Через два месяца Государственная Дума приняла их в третьем чтении и направила на рассмотрение Совета Федерации. Верхняя палата одобрила поправки к законам о банковской деятельности и банкротстве кредитных организаций и наложила вето на закон о Центральном банке. 27 июня 2001 года Государственная Дума преодолела вето Совета Федерации и направила закон на подпись Президента РФ. В.В.Путин решил не обострять ситуацию и наложил на закон вето. Таким образом, многострадальный законопроект был возвращен в состояние первого чтения.
