В ночь на 22 февраля 1905 года японцы взяли полк в кольцо: к тому времени армия бывшего военного министра России генерала от инфантерии Куропаткина уже оставила город. Полковник Н. Н. Юденич с винтовкой в руках повел своих стрелков на прорыв. Прорвать вражеское кольцо удалось только в ходе повторной атаки в штыки. Но при этом полковой командир получил тяжелое пулевое ранение в шею и вновь остался в строю после перевязки.
Поредевший 18-й стрелковый полк оказался в арьергарде отступающей русской армии. Отходя по Мандаринской дороге, он выдержал тяжелый бой с японцами у деревни Тачиндауза, не дав отрезать себя от главных сил. Командир умело руководил тяжелым боем, владея ситуацией до последних выстрелов.
Японская война оставила заметный след в биографии полководца Николая Николаевича Юденича. Она стала признанием его несомненных воинских дарований. В июне 1905 года следует назначение командиром 2-й бригады 5-й стрелковой дивизии с производством в генерал-майоры. За войну награждается орденами Святого Владимира 3-й степени с мечами и Святого Станислава 1-й степени, тоже с мечами. После окончания войны «маньчжурскому генералу», получившему два ранения, пришлось более года провести на излечении. Из госпиталя он вышел только на исходе 1906 года.
Неудача в войне с Японией послужила толчком к проведению военных реформ в России. Составной их частью стала отправка в отставку большого числа старших офицеров и генералов, которые не отвечали требованиям своего времени и «устарели» в познаниях военных наук и тактического искусства. В силу этого генерал-майор Н. Н. Юденич в феврале 1907 года получает должность генерал-квартирмейстера Кавказского военного округа. Вскоре он получает новое назначение начальником штаба внутреннего Казанского округа. В 1912 году производится в генерал-лейтенанты.
Вскоре он возвращается в Тифлис (в январе 1913 года), но уже на должность начальника окружного штаба. На этом посту ему предстояло готовить войска Отдельной Кавказской армии к началу Первой мировой войны. Николай Николаевич становится «правой рукой» царского наместника на Кавказе генерала от кавалерии графа И. И. Воронцова-Дашкова, личного друга императора Александра III.
Как начальнику штаба приграничного военного округа, Юденичу приходилось заниматься делами, связанными с сопредельными странами – Турцией и Персией. Он был одним из тех лиц, которые занимались вводом экспедиционных войск в Персию для укрепления власти в ней шаха Мохаммеда-Али и создания его личной гвардии – Персидской казачьей бригады.
В силу своей должности Юденич «отслеживал» деятельность в Турции германской военной миссии во главе с генералом Лиманом фон Зандерсом, произведенным султаном в муширы (маршалы). Было достоверно установлено, что немецкие военные советники готовят турецкую армию и флот к войне против России. И что султанский военный министр Энвер-паша придерживается откровенной прогерманской ориентации.
Действительно, когда началась Первая мировая война, «припоздавшая» на Кавказе (Стамбул «выжидал» до середины октября 1914 года), главные силы Турции оказались на границе с Россией. Вступление же Турции в Великую войну началось с того, что в три часа утра 29 октября два турецких миноносца вероломно ворвались в одесский порт и потопили русскую канонерскую лодку «Донец» и обстреляли стоявший там французский пароход «Португалия». 2 ноября 1914 года Россия объявила войну Турции.
На тот день Отдельная Кавказская армия уже понесла «большой урон»: из трех ее Кавказских корпусов 2-й и 3-й с частями усиления были переброшены на Восточный (Русский) фронт воевать против Германии и Австро-Венгрии. На Кавказе оставались только один первоочередной 1-й Кавказский корпус генерала Г. Э. Берхмана, 1-я и 2-я Кубанские пластунские бригады, казачья конница и прочие части. Ожидалось прибытие из Средней Азии 2-го Туркестанского корпуса.
Генерал-лейтенант Н. Н. Юденич с началом войны становится начальником штаба Отдельной Кавказской армии. Ее главнокомандующим автоматически назначается престарелый царский наместник Воронцов-Дашков, а его помощником – генерал от инфантерии А. З. Мышлаевский.
События на границе разворачивались быстро: русские войска, сбивая пограничные заслоны, вошли на территорию Турции и завязали бои с 150-тысячной 3-й армией генерала Гасан-Иззет-паши. Начальником ее штаба был немецкий генерал Бронзарт фон Шеллендорф. Армия состояла из около 130 батальонов пехоты, примерно 160 эскадронов кавалерии и курдских конных сотен при 270–300 артиллерийских орудиях.
Отдельная Кавказская армия на начало войны имела 120 батальонов пехоты, 127 сотен кубанских и терских казаков и 304 артиллерийских орудия. Резерв состоял из Сибирской казачьей бригады генерала П. П. Калитина с оренбургской казачьей батареей, которая своим ходом прибывала в Тифлис. Уступая неприятелю в численности войск и числе орудий, кавказцы превосходили его в воинской выучке и боевом духе.