С начала 1634 года Кирхера устроили на работу в Collegium Romanum преподавателем, далее он последовательно занимал там должности библиотекаря и хранителя музея. Первое время он преподавал математику и древнееврейский язык; причём на кафедре математики одним из его предшественников был Клавий – «архитектор григорианского календаря». Прибытие молодого иезуита не прошло незамеченным: учёный аббат Бушар известил о Кирхере и его изобретениях Галилея, а также Рафаэлло Маджотти. Галилей, напомним, к этому времени смог счастливо избежать обвинения в ереси и избежать костра. Маджотти в одном из частных писем писал, что Кирхер вернулся с Востока (что не соответствовало действительности), владеет 12-ю языками и превосходный геометр и часовых дел мастер. Тема Востока возникла не случайно: перед отъездом Пейреск передал через Кирхера огромное количество восточных рукописей, которые ему доставили из Египта капуцины. Маджотти упоминал и иероглифический папирус, а также арабские и халдейские манускрипты. Поскольку Кирхера воспринимали в первую очередь как востоковеда, в 1636 году он выпустил в свет первое в Европе исследование коптского языка Prodromus coptus sive aegyptiacus, напечатанное за счёт Конгрегации пропаганды веры с посвящением кардиналу Барберини. О научных работах первых римских лет Кирхера можно судить по сохранившейся переписке с главным патроном – Пейреском (он скончался в 1637 году). Ещё в апреле 1634 года в корреспонденции профессора из Нима – Самуэля Пети – упоминается коптский словарь Кирхера и подробно трактуется о рукописи вавилонского раввина Нефи, которую иезуит обещал перевести на латинский язык. Рукопись эту Кирхер привёз из Майнца и подарил Пейреску. Рукопись «Истории, древностей, иероглифических знаков, религии и предметов искусства египтян» была на арабском языке. Предметом переписки была не только античность: Кирхер представил Пейреску молодого римского астронома Гаспара Берти, который провёл точные наблюдения во время лунного затмения в августе 1635 года. В конце 1635 года в Рим прибыл гессенский ландграф Фридрих, встречу ему от немецкого землячества организовывал Кирхер. 11 января 1637 года граф принял причастие из рук Папы Римского, а отец Афанасий Кирхер стал его личным духовником и исповедником. В мае граф со свитой, куда входил и иезуит, был отправлен на Мальту; Кирхер при этом был командирован лично кардиналом Франческо Барберини, чтобы следить за твёрдостью германского графа в католической вере. Из Чивитавеккья компания морем отправилась в Неаполь и Мессину и 2 июня прибыла в Валлетту. 29 июня 1637 года на день апостолов Петра и Павла Кирхер дал четвёртый, окончательный обет своему ордену. Он воспользовался путешествием, чтобы провести наблюдения над магнитным склонением, об этом Маджотти извещал еретика Галилея, а Лукас Гольстениус писал о том же Пейреску. Гольстениус писал, что Кирхеру доставили несколько эфиопских рукописей, но его свитские обязанности не позволили пока работать с ними. Кирхер пробыл на Мальте до весны 1638 года, видимо, отношения с графом складывались успешно, и у него было много времени для научных занятий. Больше всего его интересовали мальтийские горы и пещеры. В письме профессору гебраистики Базельского университета от 6 января 1638 года Кирхер писал, что поднялся на Везувий и на Этну, посетил Липарские острова. В библиотеке Мальтийского ордена он обнаружил множество греческих и восточных рукописей, сконструировал для ордена сложную машину, которая позволяла делать астрологические и календарные расчёты, а также предсказания. Это устройство было описано в книге Specula Melitensis, выпущенной в 1638 году в Мессине под именем великого приора ордена Сальваторе Имброльо. Весной 1638 года через Палермо иезуит был отозван в Рим. В Палермо он встретился с Каспаром Шоттом, и они вместе поехали в Сиракузы, где попытались опытным путём доказать, что Архимед действительно мог сжечь римский флот зажигательными зеркалами. Далее Кирхер был свидетелем извержения Стромболи, с которым связывал землетрясение в Калабрии. Он был потрясён, когда обнаружил на Вербное воскресенье, что на месте деревни Санта-Эуфимия образовалось сернистое озеро. Кирхер дал обет написать о подземном мире специальное исследование. Из-за сильнейших штормов и тектонических явлений он с трудом смог вернуться в Рим. Больше он не покидал города до конца жизни.
