Кирхер перебрался во Францию и больше никогда в жизни не ступал на землю Германии. Кирхер и его коллега Андреас Виганд сначала обосновались в Лионе, но в городе началась эпидемия чумы, и брат Афанасий отправился в папские владения – в Авиньон, где прожил следующие два года. В Авиньоне сильно ощущалось иезуитское влияние, их коллегиум во дворце Де Ла Мотт получал папскую стипендию в 500 скуди в год, что делало его одним из богатейших во Франции, учитывая владения ордена и пожертвования местных влиятельных персон. Кирхер немедленно построил для иезуитской церкви солнечные часы и спроектировал планетарий, который произвёл большое впечатление. Он интенсивно занимался астрономией и в 1632 году познакомился в Авиньоне с Яном Гевелием. С астрономией связана и трагикомическая история: во время деловой поездки в приорат Монфаве Кирхер поздно ночью настолько увлёкся созерцанием звёзд, что второй раз в жизни попал в мельничное колесо, хотя вновь не пострадал. Во Франции Кирхер преподавал в коллегиуме, видимо, обязанности не были обременительными, он много ездил по местным достопримечательностям. В результате он составил большую карту местности. Картографические интересы привели к важному для Кирхера знакомству: в 1632 году он был представлен аббату Фабри де Пейреску – «князю Республики учёных», а также раввину Соломону Азуби. Это было наднациональное объединение учёных, существовавшее в эпоху Ренессанса и Просвещения. Коммуникация осуществлялась, преимущественно, по переписке (как на интернациональной латыни, так и живых языках, преимущественно, – итальянском и французском), реже – лично во время путешествий.
Республика учёных послужила основой современного научного сообщества, к середине XVII века организационная форма неофициальных кружков перестала удовлетворять научное сообщество. В 1666 году была основана Парижская академия наук и, параллельно с ней, Королевское общество в Лондоне, членом которого и являлся И. Ньютон. Именно «князь Республики учёных» аббат Пейреск способствовал дальнейшему переводу Кирхера в Рим. И тут вновь с нашим героям начинают происходить самые невероятные события. Афанасий Кирхер, истинное дитя эпохи барокко, мало чем отличается от героев «плутовского романа». В нём есть черты Симплициссимуса из знаменитого романа немецкого писателям Гриммельсгаузена, современника Кирхера. Приказ о переводе в Италию пришёл уже после того, как иезуит морем отбыл в Геную – это было в сентябре. Кирхер хотел на пути в Австрию побывать в Милане и Венеции. Однако судно, на котором он отправился, уже в трёх милях от Марселя село на песчаную отмель. Когда он пересел на фелюгу, разразился сильнейший шторм, и судно выбросило на берег в Кассисе (это было в день Рождества Богородицы). Чтобы добраться до Генуи, потребовалось 8 дней. Две недели Кирхер и его товарищи по несчастью приходили в себя в Генуе и совершили благодарственное паломничество в Лорето. Далее предстояло добраться морем до Ливорно, однако судно было штормом унесено на Корсику. Повреждённый корабль с трудом добрался до Чивитавеккьи, откуда было удобнее ехать в Рим, а не в Ливорно. Вновь лишившийся всего имущества Кирхер в начале 1634 года добрался до Вечного Города (впрочем, в одном из писем Пейреску упоминалась дата 22 декабря 1633 года), где и узнал о своём новом назначении.
И здесь в связи с республикой учёных, членом которой и стал Афанасий Кирхер, нельзя не упомянуть орден розенкрейцеров. Это было одно из многих тайных сообществ, в которое входили известные интеллектуалы тогдашней Европы и которое, как и «республика», послужило основанием будущих академий наук, в частности, Королевского общества в Лондоне. Это ещё раз подтверждает ту мысль, что наука эпохи барокко непосредственно вырастала из так называемых герметических штудий, куда входили алхимия, каббала, астрология и прочие магические практики. В своё время Н. Бердяев утверждал, что именно из магии и произошла современная наука, потому что магия, как и наука, всецело ориентировалась лишь на материальный мир. И если наука – это царство рационализма, то не может быть, считает Н.А. Бердяев, рациональной свободы, рациональной реальности и рациональной личности – они всегда должны носить иррациональный, религиозный или магический характер. Таким воплощением, на первый взгляд, дикого сочетания рационального и иррационального в эпоху барокко, научного и, как сейчас принято говорить, антинаучного, и стало тайное общество розенкрейцеров. В эпоху барокко предпринимаются многочисленные попытки объединить рациональное и метафизическое – опыт и божественную природу всего сущего, первопричину всех явлений.
