Жизнь Кирхера последних десятилетий достаточно подробно документирована его перепиской с друзьями. Даже достигнув восьмого десятка, отец Афанасий был активен, живо интересовался новыми сведениями о Китае и Японии и с гордостью сообщал, что опубликовал 43 учёных труда. В 1679 году вышел последний из них – «Вавилонская башня», посвящённый архитектуре и лингвистике, основанной на библейской истории о смешении языков. Последние письма января 1680 года полны понимания неминуемого конца, но монах был готов ко встрече со Всевышним. В последнем послании Лангенмантелю в Германию 20 января 1680 года Афанасий Кирхер писал: «Бог есть Альфа и Омега всех вещей; служить Тому, Кто должен править, и любить Его – вот вершина всех наук».
Кирхер страдал от мочекаменной болезни; когда после смерти было совершено вскрытие, из тела монаха извлекли более тридцати камней. В марте он «впал во второе детство» и провёл в этом состоянии около полугода, по словам современников, активно исследуя собственные экскременты. Отец Афанасий Кирхер скончался 27 ноября 1680 года; однако существует легенда, что он успел получить известие о кончине Бернини 28 ноября, а сам умер 30-го. Есть также версия о совпадении смертей Кирхера и Бернини, она была запечатлена в анонимной эпитафии. Учёный был погребён в главной церкви Иезуитского ордена, располагавшейся неподалёку от
Пола Финдлен утверждала, что в естествознании XVII века Кирхер и Ньютон представляли два принципиально разных мира несмотря на то, что их многое роднило в личностном и интеллектуальном плане. И Кирхер, и Ньютон были глубоко и искренне верующими людьми, считавшими познание природы средством Богопознания, оба они начинали свою академическую карьеру, занимаясь преподаванием математики. Кирхер и Ньютон изучали древности, усматривая в языческих верованиях предвосхищение христианства, и в этом смысле оба отдали дань оккультизму. Их мировоззрение восходило к гуманистическим доктринам, и оба они были в плане подхода к мирозданию христианскими энциклопедистами. В этом плане из современников в одном ряду с ними мог быть поставлен только Лейбниц.
Учёные общества Европы XVII века очень высоко ставили авторитет Кирхера. Так, Марин Марсенн был потрясён представленным иезуитом решением задачи квадратура круга, однако, прочитав его труды, выразил надежду, что учёный перестанет метать бисер перед свиньями. В «Полигисторе» Даниэля Морхофа (1688) – обзоре научной мысли современной ему Европы – имя Кирхера («Геркулеса… среди писателей») стоит в одном ряду с Бэконом и Бойлем, в то время как Ньютон отсутствует в этом ряду. В первой половине своей жизни Ньютон был известен как талантливый математик, но уступающий Гуку и Лейбницу, общеевропейская его слава наступила значительно позднее.
