Параллели, которые возникали между процессом вегетации и светом, и имевшие в свою очередь истоки в книге Бытия превращали любое алхимическое действие в процесс космогонического масштаба. Так, недавние исследования в области гуманитарных наук определили широко распространенную химическую философию шестнадцатого и семнадцатого столетий, в которой сотворение мира рассматривалось как процесс химического или алхимического разделения. Ньютон пришел к подобным взглядам в начале 1680-х годов, если не ранее, и начал сравнивать иллюминацию материи в алхимическом процессе с использованием Богом света в момент творения мира.
На трактовку Ньютоном алхимии в космогоническом аспекте, должно быть, повлиял Томас Бернет. Свою работу
Эти размышления, использованные Ньютоном в письме к Бернету, над общепринятой Иудео-Христианской теорией сотворения мира возникли в контексте освященной веками традиции, которую современники Ньютона комментировали и меняли, пытаясь вдохнуть в нее новую жизнь. Космогонические мифы возникали в каждой культуре и со временем они совершенствовались, менялись или замещались другими мифами в ходе развития этой культуры.
Для христианства традиционным форматом подобных рассуждений служила так называемая литература шестоднева – комментарии к шести дням творения, описанным в книге Бытия. Сложность христианской традиции в конце концов стала чрезмерной. Так в четырнадцатом столетии Генрих Лангенштейн процитировал в своих Lecturae super Genesim более шестидесяти имен авторов, считавшихся авторитетными в этом вопросе. Конечно, отправным пунктом для Генриха оставалась книга Бытия, но различные источники, из которых брал сведения Генрих, свидетельствуют о том, что уже к позднему средневековью комментирование шести дней творения стало своего рода наукотворчеством.
Во времена Ньютона Бытие все еще было основой для космогонических построений, а проблема примирения соотнесения традиции, идущей от Моисея, с возникающими и усложняющимися философскими воззрениями была как никогда актуальна. Отчасти это было связано с обнаружением еще большего античного материала, в особенности космогонических теорий, содержащихся в Герметическом своде. Отчасти это происходило в свете увеличивающихся и усложняющихся экспериментальных знаний. Так в книге Бытия ничего не говорится о начале ежедневного или годового вращения планеты, и даже Ньютон признавался Бернету в переписке, что он затруднялся к какому из дней творения отнести это событие.
Одним из способов разрешения этой проблемы была традиция экзегетики, идущая от Филона Александрийского, который предположил, что Пятикнижие – это иносказание, умышленно составленное Моисеем таким образом, чтобы под внешней формой мифа и исторического повествования скрыть от непосвященных глубочайший смысл божественного откровения. Всю широту понятия средневековой библейской экзегетики в нашем случае можно свести к вопросу о соотнесении описания творения мира в Пятикнижии и последних философских данных, ему противоречащих. Такая техника экзегезы в разрешении вопросов физического толка использовалась еще со времен Августина, который в своем труде De Genesi ad litteram пытался примирить буквальные значения библейских текстов со своим достаточно обширным знанием античной натуральной философии.