Ньютон был увлечен изучением процесса дезорганизации и реорганизации, способствующего тому, что материальные формы могут порождать нечто новое. Алхимический посредник, в этом смысле, нес на себе полную ответственность за все изменения виталистического и универсального характера. Этот посредник был обозначен также как «добродетельный фермент» («fermental virtue») или «вегетативный дух» (Vegetable spirit) и становился силой, определяющей собой весь процесс ферментации, о котором Ньютон пишет в своей «Оптике». В «Предположениях» («Propositions») можно найти описание некоего посредника, который в начале ввергает все в хаос, чтобы затем создать или обновить определенные части материи.
Определяя это различие между двумя химиями (вульгарной и вегетативной), Ньютон, по сути дела, разрабатывал свою знаменитую иерархическую систему частиц и пор, расположенную в трехмерном пространстве.
В другом месте Ньютон указывает на то, что сложные субстанции состоят из различных частей, образованных смесью воды, земли, воздуха, масел, спирта и т.д.: «Эти части во всех различных вариантах неизбежно соединяются между собой». Эти малые сочетания воды, солей и прочее образуют нечто большее; и эти соединения характеризуются и описываются Ньютоном в соответствии с данными современной ему химии, предполагавшей пять или шесть основных элементов и их комбинаций. Эта идея берет свое начало из теории Аристотеля и его представлений о материи, где четыре основных элемента: земля, воздух, огонь, вода были ключевыми, плюс идея Парацельса, который добавил еще три принципа: соль, ртуть, сера. Комбинация этих элементов часто появляется и в «Оптике», и в трактате «О природе кислот».
По мнению Ньютона, процесс гниения доводит материю до состояния полной дезорганизации, в котором части этой самой материи могут быть перемодулированы, и принять любую из форм, продиктованную вегетативным духом. В трактате «О природе кислот» «витальный посредник» может проникать в поры золота, и если золото обладает «ферментацией», то оно может распадаться до первоэлементов.
Ранние заметки по алхимии Ньютона содержат две доктрины, касающиеся идеи трансмутации материи, с одной стороны, и иерархической системы частиц – с другой. Но они ни в коей мере не могут дать полной картины алхимических представлений великого ученого. В этих заметках ничего не сказано о неких порах как о свойствах любой материальной субстанции. Но именно концепция пор станет ключевой в общей иерархической системе Ньютона. В действительности в 1672 году теория материи Ньютона еще не готова была принять концепции пустых пор. Его вселенная была наполнена так называемым всепроникающим и постоянно циркулирующем эфиром, несущим «священный огонь» («secret fire») и «вегетативный дух» (vegetative spirit), то есть то, что называлось еще посредником, медиумом, «единственным ферментом и началом всеобщей вегетации».
Ньютон начал всерьез обсуждать концепцию пустых пор в связи с проблемой реакции материи на свет, как это нашло свое отражение в ранних трудах ученого, посвященных проблемам оптики. В этих трудах поры были заполнены жидким посредником тонкой материи, с которым и вступали в связь частицы света.
Дальнейшее развитие взглядов на вселенную и природу материи в алхимическом ключе Ньютона пойдет по пути прояснения, прежде всего, той связи, которую он пытался установить между процессом вегетации и иллюминации, а также влияния Библейской традиции и алхимической космогонии на взгляды английского ученого.
Начиная с 1660-х годов Ньютон был увлечен поисками теологического толка. Ученый, как и его соотечественники Исаак Барроу, Генри Мор и Ральф Гудворд, был встревожен нараставшим атеизмом, причину которого многие видели в распространявшемся картезианстве. Хотя античный атомизм не имел ничего общего с атеизмом в современном понимании этого слова, но само учение о мельчайших и неделимых частицах, находящихся в непрерывном движении, словно исключало вмешательство в их механическое движение каких бы то ни было богов. Декарт, Гассенди и Чарльтон, предложили решение этой проблемы, предположив, что молекулы начали свое нескончаемое движение по божьей воле в самый момент творения. А все, что получилось в результате, произошло благодаря корпускулам и их движению, без всякого божественного вмешательства.
