Флорентийцы подписали соглашение с Чезаре, не имея ни малейшего желания его исполнять. Они хотят как можно быстрее избавиться от опасной армии, где находятся их злейшие враги — Вителлоццо и Орсини. Сознавая свою силу, де Валентинуа пытается использовать сложившуюся ситуацию. Он требует выплатить ему вперед четверть жалованья кондотьера за год и выдать половину флорентийской артиллерии для похода на Пьомбино. На этот раз флорентийцы отказываются. Решив, что он потерял достаточно времени, 25 мая Чезаре пускается в путь по направлению к побережью, забрав в Пизе необходимую ему осадную артиллерию. С 28 мая папский флот, состоящий из 6 галер, 3 бригантин и 6 галиотов, ждет его у берега. С помощью этого флота с 1 по 5 июня он захватил острова Эльбу и Пьяносу. Он осаждает Пьомбино, несчастный повелитель которого Джакомо Аппиано тщетно в Лионе просит короля Людовика XII спасти его от сына папы. Осада Пьомбино продлится 2 месяца, но Цезарь не увидит капитуляции города: к 17 июня он уже вернулся в Рим на одной из папских галер, чтобы присоединиться к французской армии, направляющейся в Неаполь, потому что теперь нужно послужить французскому королю, чтобы расплатиться за оказанную им военную и дипломатическую помощь в Романье.
Людовик XII постарался максимально обезопасить себя, чтобы избежать ошибок, допущенных в царствование Карла VIII, когда Неаполитанские Арагонцы изгнали французов из своего королевства. 11 ноября 1500 года он заключил с арагонским королем Испании Фердинандом союзнический договор о разделе Неаполитанского государства. По этому договору Людовик XII должен получить Возделанные равнины и Абруцци и титул короля Неаполя; Фердинанд — Пуллию и Калабрию и титул герцога. Теперь необходимо, чтобы папа, как сюзерен этого государства, согласился на сделку. 25 июня 1501 года Александр ее одобрил. Он провозглашает низложение короля Фредерика под предлогом, что тот вошел в сговор с султаном. 29 июня объявлено о заключении союза папы с Францией и Испанией. Франко-испанский поход должен стать первым актом крестового похода против врага христианского мира — Турка.
Понтифик принимает Ива д’Алегра, предводителя авангарда французских войск, затем главнокомандующего армии Людовика XII Стюарта д’Обиньи в зале Попугая. Затем Александр VI направляется в замок Сант-Анджело. Сидя вместе с Чезаре — знаменосцем Церкви — в своей лоджии, он наблюдает, как по мосту проходят войска: 12 000 пеших солдат и 2000 всадников пресекают Тибр. За ними движутся 4000 пехотинцев, в основном, испанцы в желто-красной униформе — это солдаты Чезаре. Неаполитанская кампания оказывается молниеносной. Королю Фредерику помогают его союзники — бароны Колонна, он рассчитывает на сопротивление крепости Капуа. Но 24 июля ворота крепости оказались предательски открыты. Последовала ужасная резня. Убито более 4000 человек. Чтобы избежать насилия, женщины бросались с крепостных стен. Чезаре, по сообщению историка Гишардена, который описывал события по прошествии долгого времени, выбирает самых красивых женщин, прячет их от грубой солдатни, чтобы оставить для собственного потребления. В этом явно слышится отголосок слухов, позорящих де Валентинуа, согласно которым он — единственный виновник резни в Капуа, тогда как следовало бы в этом обвинить командующего войсками Сан-Северино.
После этого ужасного преступления всякое сопротивление прекращается. Король Фредерик, преданный своим испанским кузеном, принимает предложение, сделанное Людовиком XII: за отказ от трона он получает содержание и титул герцога Анжуйского во Франции. Со своей стороны, Чезаре получает значительные доходы во франко-арагонском королевстве и титул герцога Андрии, пожалованный ему Фердинандом Арагонским.
