Флотилия, которую собрал Наполеон, стала не только самой крупной из когда-либо созданных для нападения на Сен-Доминго, но и одной из самых крупных заморских операций среди всех европейских государств до того времени. Ее недвусмысленной задачей было разгромить черных генералов и вернуть колонию под власть. Всего в конвое из пятидесяти кораблей находилось 35 000 французских солдат и матросов, в том числе многие из лучших генералов страны, которая в то время находилась на пике своего могущества. Среди них был и главный командир миссии, шурин Наполеона, Шарль-Виктор-Эммануэль Леклерк, женившийся на Полине Бонапарт. Во Франции Наполеон представил свое наступление как " крестовый поход цивилизованных людей Запада против черного варвара, который поднимается в Америке", предлагая, что "испанцы, англичане и американцы также обеспокоены существованием этой черной республики". Тем временем Наполеон приказал генералу Леклерку удалить из колонии всех негров в звании капитана или выше, используя знаменитую фразу: " Избавьте нас от этих позолоченных негров и нам больше нечего будет желать".
Однако Джеймс Стивен, английский адвокат-аболиционист и впоследствии член парламента, который был особенно проницателен в делах на Карибах, мог предвидеть готовящуюся катастрофу. Он писал, что подчинить народ Сен-Доминго рабству так же невозможно, как " возродить в философе суеверия детской комнаты, чтобы он снова поверил в великанов и волшебников; или напугать мужчину зрелого возраста розгами школьного учителя".
В свою очередь, увидев огромное количество кораблей, собравшихся у побережья, Туссен в редкий момент поражения воскликнул: " Мы должны погибнуть . Вся Франция пришла в Сен-Доминг". Однако его привычное неповиновение вернулось довольно скоро, и был отдан приказ сжечь недавно отстроенный Кап-Франсуа и не сдаваться в жестоких боях, которые последовали за этим с войсками Леклерка. Позже Туссен заявил: " Я взялся за оружие ради свободы мой цвет , которую провозгласила только Франция, но которую она не имеет права отменить. Наша свобода больше не в ее руках: она в наших собственных. Мы будем защищать ее или погибнем".
Бывшие рабы Сен-Доминга оказали столь энергичное сопротивление, что Леклерк был в ярости, даже когда его армия продвигалась вперед. " Победители повсюду , у нас не было ничего, кроме наших винтовок. Враг нигде не держался, но при этом не переставал быть хозяином страны", - писал французский командующий. Это было еще одним свидетельством не только вдохновенного полководческого мастерства негров, но и военного опыта и, прежде всего, тактики ведения боя, которые недавно освобожденные рабы привезли с собой из Африки. Тем не менее французские войска вскоре начали одерживать верх, постепенно привлекая на свою сторону белых, свободных цветных и, наконец, хотя и временно, двух самых умелых союзников Туссена, Жан-Жака Дессалина и Анри Кристофа. Перед лицом этих неудач Туссена в конце концов заманили на переговоры с французами и, наконец, обманом заманили на встречу, которая привела к его аресту и депортации. Его последние слова, записанные перед отъездом с острова, вряд ли могли быть более пророческими: " Свергнув меня , вы срубили в Сен-Домингю только ствол дерева свободы; оно снова вырастет из корней, ибо они многочисленны и глубоки". Взятый в тюрьму в горах Юра во Франции, Туссен умер 7 апреля 1803 года.
Обезглавливание основного руководства чернокожих в колонии, казалось, могло стать решающим поворотом в пользу Франции. Но эта перемена в удаче оказалась иллюзорной и не продержалась. Сопротивление чернокожих ослабло, но полностью не угасло. Более того, возникло новое руководство под руководством таких революционных лидеров, как Макайя и Жан Батист Сан-Суси , которые сражались с самого начала восстания и командовали войсками так называемых боссалей, людей, которые, как и они сами, родились в Африке, где приобрели опыт участия в гражданских войнах Конго. Однако вскоре события в триумфальной Франции подтолкнули восстание к новой фазе, которая будет более интенсивной, чем когда-либо прежде. В мае 1802 года Национальное собрание проголосовало 211 голосами против 60 за восстановление рабства на Мартинике, Реюньоне и других французских островах. В июле этого года весть о восстановлении рабства просочилась на Сен-Домингу, ее принесли рабы из Гваделупы, которые спрыгнули с корабля, стоявшего на якоре в гавани Кап-Франсуа. Генерал Леклерк сразу же почувствовал, как это чревато разжиганием восстания на Сен-Домингу, и отправил Наполеону послание с призывом к осторожности. " Не думайте об установлении рабстваздесь в течение некоторого времени", - призывал он. Позже Дессалин, ставший первым лидером независимого Гаити, обратился к Леклерку со своим собственным предупреждением: " Будет землетрясение! ". Однако французского императора было не переубедить. Возвращение рабства в самую богатую колонию Франции действительно будет провозглашено в конце того же года.