Известно также, что наполеоновский эмиссар и масон Этьен Пуссьельг, прибывший под видом ученого на Мальту в декабре 1797 г., вступив в контакт с командором французского «языка» Малтийского Ордена Доломье, получил от последнего список недовольных мальтийских рыцарей, главным образом французов, в большинстве своем являвшихся членами управлявшейся из Франции тайной масонской ложи «Шотландская ложа святого Иоанна к тайне и гармонии», возникшей в орденской среде в 1750 г. Пуссьельгу удалось привлечь на сторону французов, в частности, начальника мальтийской артиллерии командора де Бардоненша; директора фортификационных сооружений и водоснабжения Мальты командора де Фе и главного инженера командора де Гузара. Таким образом, измена еще до начала французского нашествия свила себе гнездо в самых высших эшалонах военного руководства Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского! Официально масонские ложи на территории считавшегося строго католическим Мальтийского Ордена были запрещены; тем не менее, в ложу входили такие известные рыцари и должностные лица Мальтийского Ордена, как Иоганн Карл граф Коловрат-Краковский, Антуан де Лижонд, Антуан-Франсуа де Крозэ-Линсель, Джованни Баттиста Томмази (будущий 73-й Великий Магистр Мальтийского Ордена; впрочем, Томмази во время штурма французами Мальты принадлежал к числу немногих мальтийских рыцарей, не щадя своей жизни сражавшихся с французами на бастионах), рыцари Шарль-Абель де Лора, граф ди Акино (младший брат принца ди Акино-Караманико, являвшегося в 1773-1775 гг. «великим мастером» земельной франкмасонской ложи Неаполитанского королевства, а в 1785-1792 гг. вице-королем Сицилии; этот самый граф ди Акино, согласно показаниям известного авантюриста и «Великого Копта» египетского франкмасонства графа Калиостро в ходе допроса в Париже по поводу кражи бриллиантового ожерелья королевы Франции Марии-Антуанетты, был якобы «приставлен в качестве сопровождающего» к Калиостро Великим Магистром Мальтийского Ордена Мануэлем Пинто де Фонсекой во время пребывания Калиостро на Мальте, Сицилии и в Неаполе), Альфиеро Лоренцо Грилле де Монту и даже Джулио Помпео Ренато граф де Литта, фактически перенесший в недалеком будущем Орден Святого Иоанна Иерусалимского на русскую почву!
В то же время тот факт, что рыцарь-француз, принц Камиль де Роган (хотя и подозревавшийся в причастности к раскрытому незадолго перед тем «заговору Вассало», направленному против предыдущего Великого Магистра) возглавил мальтийское ополчение, имея в качестве заместителя бальи де Клюньи, также француза; что француз-командор де Месгриньи возглавил оборону острова Гоццо, а рыцарь-француз де Вален – оборону острова Комино (Кумино), может служить доказательством тому, что несправедливо было бы, как это часто делают, огульно обвинять всех рыцарей-французов в нежелании оборонять Мальту от «своих». Для этих рыцарей Святого Иоанна французские республиканцы-атеисты были не более «своими», чем, скажем, советские красноармейцы для белых бойцов Русского Корпуса на Балканах во II мировую войну. А вот испанские рыцари, которым, казалось бы, сам Бог велел быть ярыми защитниками католической веры, почти поголовно саботировали оборону Мальты, забаррикадировавшись в своем «оберже» (казарме-общежитии). А мальтийский рыцарь Филипп де Амата, поверенный короля Испании на Мальте, представлял своего суверена в качестве посредника при подписании Конвенции (Акта о капитуляции) о сдаче Мальты французам!
В свете этого поведения и отношения испанцев в Мальтийскому Ордену становится понятным, почему «Его Католическое Величество» король Испанский Карлос де Бурбон сразу же после захвата Мальты Бонапартом первым делом конфисковал в своем королевстве все владения Державного Мальтийского Ордена (якобы «в наказание» за «недостаточное рвение мальтийских рыцарей в борьбе с врагами Святой Веры»!?), упразднив его и заменив своим собственным, «карманным» королевским «Орденом Сан Хуан», рыцарям которого было строжайше запрещено поддерживать какие-либо связи с членами Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского!
Рыцари прочих «наций» распределились по батареям и башням защищавших остров главных орденских крепостей Ла Валетты, Бирги и Флорианы, компактно расположенных вокруг мальтийской Большой Гавани.
Видя все эти приготовления мальтийцев, адмирал Брюйэс направил в порт Мальты всего один корабль для «ремонта». На следующий день остальной французский флот отошел на некоторое расстояние и в течение 9 дней крейсировал вокруг острова, отыскивая удобные места для возможной высадки.