Поначалу рыцари Родоса не желали и думать о капитуляции. Но под давлением греческого населения, направившего к Филиппу Вилье де л’Иль-Адану депутацию во главе с православным Митрополитом Родоса Климом (Климисом), иоанниты были вынуждены вступить с османами в переговоры. Было объявлено трехдневное перемирие (с 11 по 13 декабря), но родосцы требовали гарантий, что им будет сохранена жизнь. Разъяренный их дерзостью султан приказал возобновить бомбардировку и штурм города. 17 декабря туркам удалось захватить бастион испанского «языка». Штурм шел, не прекращаясь, три дня подряд. Турки захватили весь т.н. Внешний Город. Остатки гарнизона отчаянно защищались в полуразрушенной турецкой артиллерией внутренней цитадели, но их силы были уже на исходе. Родосу угрожал окончательный захват турками, что означало бы поголовную резню и обращение в рабство всех уцелевших.
22 декабря осажденные направили в лагерь султана Сулеймана депутацию, состоявшую из «латинян» и греков, объявившую о согласии принять предложенные турками условия капитуляции. Согласно этим условиям, иоаннитам предоставлялся двенадцатидневный срок на то, чтобы покинуть остров, с сохранением оружия, включая все орденские знамена и пушки (которые дозволялось использовать для вооружения галер), мощей святых и священных сосудов из родосского собора Святого Иоанна, и личного имущества (хотя рыцари-монахи, по идее, такового не должны были иметь, по Уставу их Ордена). Греческим и «франкским» жителям Родоса, не являвшимся членами Ордена Святого Иоанна и желавшим покинуть Родос, предоставлялась возможность сделать это в течение 3 лет. Турки обещали сохранить христианские церкви непоруганными, дозволяли христианам свободно отправлять богослужение и не принуждать христиан к принятию ислама. Кроме того, султан на 5 лет освободил жителей Родоса от всех налогов и податей и обещал в течение 5 лет не забирать христианских мальчиков в янычары, а девочек – в турецкие гаремы. Но, несмотря на заключение мирного договора, дело не обошлось без грабежей и насилий со стороны вошедших в город турок.
После официального подписания акта о капитуляции и обмена визитами вежливости между Великим Магистром родосских рыцарей и султаном, 180 уцелевших после осады иоаннитов, в сопровождении 5000 жителей Родоса и греческого митрополита Клима погрузились на корабли «Санта Мария», «Санта Катарина» и «Сан Джованни», а также на 30 более мелких судов и 1 января 1523 г. отплыли на остров Кандию (Крит), принадлежавший в то время Венецианской республике.
Все острова Додеканесского архипелага, не завоеванные к этому времени турками, сдались им один за другим.
Это военное столкновение, ставшее сильнейшим испытанием боеспособности и силы духа христианских и мусульманских воинов, в общем, вылилось в кровавую мясорубку. Согласно сообщению оставшегося анонимным западного европейца, бывшего свидетелем осады, записанному 7 ноября 1522 г., турки потеряли до 50 000, а христиане – до 2000 человек убитыми.
У этой истории был своеобразный эпилог. Турецкий наместник в Египте, Ахмет Паша, подавив восстание египтян, не смог удержаться от соблазна сделаться независимым правителем. Он составил заговор против султана Сулеймана. Эмиссары Ахмата Паши предложили папе и иоаннитам помощь в деле возвращения Ордену Родоса. Назначенный султаном турецкий губернатор Родоса, Ибрагим Ага, друг и союзник Ахмета Паши, присоединился к заговору и проявил готовность при определенных условиях сдать Родос иоаннитам. Родосские купцы также сообщали Великому Магистру иоаннитов о возможности без особого труда вновь завладеть Родосом. Орден тайно направил на Родос своего посланника Антонио Бозио, вступившего в секретные переговоры с православным Митрополитом Евфимием, представителями греческой знати и турецким губернатором Ибрагимом Агой. Император Карл V, папа, и король Англии Генрих VIII Тюдор также обещали Великому Магистру поддержку при отвоевании Родоса. Между тем в Египте был убит отложившийся от султана Ахмет Паша. Ибрагим Ага и родосские участники заговора стали также опасаться за собственную жизнь. Антонио Бозио еще несколько раз посещал с секретной миссией Родос, пока сторонники султана среди турок не раскрыли заговор. Они заменили охрану и арестовали Ибрагима Агу, Митрополита Евфимия и целый ряд других вовлеченных в заговор именитых мусульман и греков, казненных по повелению султана в 1529 г. Так иоанниты лишились последней надежды возвратить себе остров Родос.
