А Родос, на протяжении 213 лет остававшийся форпостом западной политики, стал частью исламского мира. Додеканесский архипелаг воссоединился с жизненно важной для него Малой Азией. Снова православная греко-византийская культура столкнулась чуждой и потому более-менее враждебной ей культурой. Впрочем, справедливости ради следует признать, что и западная культура, насаждавшаяся рыцарями Ордена Святого Иоанна на Родосе, также всегда воспринималась простым народом Родоса как чуждая и враждебная. Не следует забывать, что простые православные греки никогда не признавали ни попыток унии с римским католицизмом, ни западной идеологии. Даже в середине XV в., то есть в эпоху наибольшего взаимопроникновения двух основных культур родосских горожан, то и дело происходили волнения среди сельского греческого населения. Не случайно Дж. Бозио сообщал, что масса простого люда – в отличие от греков-горожан (cittadini di Rodi, de piu scelti e principali) почти не принимала участие в обороне Родоса в 1522 г. Простые сельские жители и «периэки» почти ничего не теряли от смены власти. Кроме непосредственной угрозы погибнуть в бою или быть проданными турками в рабство вместе со своими семьями в первые дни после завоевания Родоса, им, в сущности, ничего не угрожало.
Бывшие рыцари Родоса переехали на о. Крит, а оттуда – в Италию. Там они еще некоторое время переезжали из города в город. После продолжительных споров о месте новой орденской резиденции, иоанниты решили испросить у Императора Карла V дозволения обосноваться на о. Мальта, что и было им дозволено в 1530 г. С тех пор иоанниты-госпитальеры стали именоваться также «рыцарями Мальты» или «мальтийскими рыцарями».
В XVI в. турки-османы захватили большую часть Венгрии. Турецкий флот постоянно угрожал Италии. В 1570 г. турецкий падишах Селим II развязал войну с целью захвата острова Кипра, чтобы обеспечить, тем самым, полное господство Оттоманской Порты в восточной части Средиземноморья и исходный плацдарм для дальнейшей османской экспансии против Сицилии, Италии и Испании. Выполнению замысла турецкого султана способствовало непрекращающееся испано-венецианское соперничество в этой части Средиземного моря. Ситуация усугублялась полным отсутствием какого-либо единства христианских держав перед лицом турецкой угрозы.
В описываемое время король Испании и римско-германский Император Карл Габсбург боролся с протестантскими князьями своей же Империи, а король французский из ненависти к Габсбургам заключил пакт с турецким султаном. Англия и Голландия отпали от католической Церкви, причем голландские «морские гезы» даже сражались с испанским флотом под флагами с турецким полумесяцем и девизом «лучше турок, чем папа!».
С большим трудом Папе римскому Пию V наконец удалось организовать антитурецкую, в основном испано-венецианскую, коалицию под названием «Священной Лиги» (в которую вошли Испания, Венеция, духовно-рыцарский Орден Святого Иоанна Иерусалимского, Папский престол, герцогство Савойское, Парма, Неаполь и ряд мелких итальянских княжеств) c целью снарядить против турок крестовый поход и снять турецкую осаду с венецианской крепости на Кипре, Фамагусты. Однако, вследствие взаимных подозрений Испании и Венеции, подготовка нового крестового похода против турок шла крайне медленно.
Пока христианские силы собирались в Мессине на о. Сицилии, Фамагуста пала. Турецкий адмирал (капудан-паша) Али Муэдзин-Задэ (Али-паша) опустошил венецианские владения в Ионическом и Эгейском морях, после чего продвинулся со своим флотом в Адриатику и был замечен в непосредственной близости от Венеции. Однако, получив известие, что в Мессине собирается объединенная христианская флотилия, которая могла отрезать его армаде пути отхода, Али-паша поспешно вернулся в Ионическое море. К началу сентября 1571 года близ Мессины собрались 200 галер, 6 галеасов и 100 транспортных кораблей с 13 000 матросов, 43 000 гребцов и 29 000 солдат абордажных команд на борту.
Задача последних заключалась в том, чтобы, в соответствии с тогдашней тактикой морского боя, после сближения противников борт в борт, зацепить абордажными крюками борт вражеского корабля, подтянуть его к своему кораблю, перебежать по абордажным мосткам или просто перепрыгнуть на борт мусульманского судна и уничтожить команду последнего в рукопашном бою обычным, то есть общеупотребительным в то время холодным оружием (шпагами, алебардами, копьями, ножами и кинжалами) или же специальным абордажным оружием (баграми, абордажными топорами на длинных топорищах и короткими, вроде кортиков, абордажными саблями).
