Суд над потёмкинцами состоялся значительно позже — в конце января 1906 года. Процесс откладывали в ожидании подсудимых. Из семисот шестидесяти трёх человек экипажа «Потёмкина» только сорок восемь матросов отказались высадиться в Румынии. Это были шептуны. Правительство знало, что делали на «Потёмкине» шептуны. Но суд над потёмкинцами должен был состояться. На худой конец и шептуны могли фигурировать в качестве подсудимых.
Царское правительство хлопотало о выдаче ему экипажа «Потёмкина», «обвиняемого в совершении убийств и грабежей».
Румынское правительство отказалось выполнить требование царя. Оно боялось гнева своего народа, который с подлинным энтузиазмом встретил высадившихся потёмкинцев. Царское правительство не прекращало своих усилий.
Засланные в Румынию тайные агенты охранки предприняли настоящую охоту за потёмкинцами. Они знакомились с матросами, соблазняли их посулами «царской милости», а то и просто заманивали их на русскую границу. Таким образом удалось выловить ещё с полсотни потёмкинцев. Теперь можно было начать массовый процесс.
Главную группу подсудимых составляли захваченные в Феодосии матросы Заулошнев, Мартьянов, Задорожный и Горбач. Их всех обвиняли в принадлежности к социал-демократической партии. То же обвинение предъявили матросам Луцаеву, Гузю и Кошугину.
Матросы Луцаев и Гузь не были активными участниками восстания. Вопреки утверждениям обвинительного акта они не входили в состав потёмкинской комиссии. Они никогда не выступали ни на комиссии, ни перед командой с революционными заявлениями. В Констанце, во время сдачи корабля румынам, Луцаев припрятал сигнальные шифрованные книги русского флота. Он понимал, что русский военный код не должен попасть в руки иностранного правительства. Он отнёс сигнальные книги в русское консульство. Но и здесь он согласился передать их в руки консула лишь в присутствии капитана Банова, командира русской канонерки, стоявшей в Констанце. Консул и Банов благодарили Луцаева, поздравляли его, уговорили его вернуться в Россию, гарантировали ему не только свободу, но и награду правительства за «патриотический поступок». Банов сам отвёл Луцаева на «Потёмкин». Здесь уже командовал контр-адмирал Писаревский. Адмирал приказал взять Луцаева под стражу, а правительство наградило его каторжными работами. Луцаев получил высшую меру наказания: его приговорили к смертной казни, но по амнистии, вырванной у царя октябрьской забастовкой, казнь ему, как и матросам Мартьянову и Заулошневу, была заменена пятнадцатилетней каторгой. Унтер-офицер Кошугин был приговорён к двенадцати годам каторжных работ с заменой, на основании амнистии, шестью годами. Матрос Гузь получил десять лет с применением амнистии. Один из самых активных участников восстания, комендор Иван Задорожный, был приговорён всего лишь к трём годам каторги: следствие не добыло материалов о партийности Задорожного.
В общей сложности эти семь матросов получили шестьдесят пять лет каторги. Матросы Фотин, Неупокоев и Гусеников, ходившие в почётном карауле провожать тело Вакуленчука, были посланы в арестантские роты. Это был один из самых тяжёлых видов наказания в царской России. На работу в арестантских ротах были осуждены также писарь Сопрыкин и весёлый боцман Журавлёв.
На суде Алексеев объявил себя спасителем броненосцев «Ростислав» и «Три Святителя».
— Боцман Мурзак сказал мне, — показывал на суде Алексеев, — что он слышал от Матюшенко, что тот предполагал ударить «Ростислав» тараном, а «Три Святителя» взорвать миной. Узнав о таком плане, я решил помешать исполнению его и для этого дал телеграфом в машинное отделение приказание: «Левой машине полный вперёд, а правой назад». Этим манёвром я изменил направление судна, и оно прошло между броненосцами «Двенадцать Апостолов» и «Георгий Победоносец».
Алексеев врал суду. Он не только не мешал манёвру Костенко и Мурзака, но вполне одобрил его.
Во время встречи с эскадрой он был заложником потёмкинцев, теперь на суде он стал заложником Мурзака. Одного слова Мурзака было достаточно, чтобы подвести Алексеева под расстрел.
Верный себе Алексеев всячески выгораживал Мурзака. Мурзак отделался лишением чинов и увольнением из флота.
