Однако, как свидетельствуют очевидцы, это обстоятельство несколько раз спасало его от смерти. Две группы его кровников, отправившиеся, чтобы ликвидировать Басаева, были уничтожены спецназом ГРУ. Была ли это случайность или что-то иное, установить не удалось.
В 1992 году он входил в состав группы "смертников", занесенных при жизни в поминальные списки в мечетях Чечни (институт так называемых "моджахедов" - борцов за веру, отдавших себя Аллаху в религиозной войне).
К 1993 году Басаев возглавил батальон, в котором за период его нахождения в Абхазии подготовку прошли около 5 тысяч боевиков различных национальностей. Батальон отличался жестокостью действий, был укомплектован уголовниками, дезертирами из СА, гражданскими лицами с экстремистскими наклонностями, в основном из села Гехи Урус-Мартановского района Чечни.
Осенью 1993 года они уничтожили гражданских беженцев из Абхазии в районе Гагры и поселка Леселидзе, расстреляв несколько тысяч безоружных людей; в Сухуми они организовали резню мирного населения неабхазского происхождения.
С 1992 года Басаев являлся командующим гагринским фронтом в Абхазии. В январе 1993 года на совместном заседании президентского совета Абхазии и парламента Конфедерации народов Кавказа он был назначен командующим экспедиционным корпусом в Абхазии. Басаеву было вменено в обязанность "координировать, объединять, направлять в нужное русло и контролировать прибывающий поток чеченцев".
В декабре 1993 года на 5-м съезде Конфедерации народов Кавказа он был утвержден командующим войсками КНК, начальником штаба войск КНК был назначен адыгеец Амин Зехов.
Затем указом Ардзинбы он был утвержден в должности заместителя министра обороны республики.
В Чечню Ш. Басаев с батальоном (380-450 человек), который в Грозном стали называть "абхазским", вернулся в феврале 1994 года и занял обособленное место среди командиров боевых групп. В отличие от Р. Лабазанова и Б. Гантамирова, группировка Басаева не стремилась включаться в дележ сфер экономического влияния и политические или криминальные разборки, хотя ситуацию с грабежами составов в Чечне поставил под контроль именно Басаев.
В период вооруженного противостояния между руководством Дудаева и оппозицией в 1993 году занял выжидательную позицию, выступал посредником на переговорах. Вместе с тем резко осуждал разгон городского собрания в Грозном. В декабре 1993 года поддерживал требования оппозиционеров об отставке Дудаева.
С апреля по июль 1994 года, по собственному утверждению, был в Афганистане, в провинции Хост, где вместе с одной из своих групп проходил подготовку: "Подготовка проходила за мой счет. Я тогда оружие продал, у друзей в долг взял и поехал. До сих пор, кстати, 3,5 тысячи долларов за эту поездку должен" (Независимая газета. 1996. 12 марта.). В интервью газете "Известия" (1996. 25 апр.) Басаев сообщал, что в течение 1992-1994 годов трижды выезжал со своим "абхазским батальоном в лагеря афганских моджахедов, где учился тактике ведения партизанской войны".
Летом 1994 года Басаев вступил в боевые действия против оппозиции на стороне Дудаева. В июле в Грозном "абхазский батальон" вел боевые действия с группировкой Лабазанова. Формирование Басаева сыграло свою роль во время неудачной попытки штурма Грозного оппозицией. Басаев считался одним из наиболее близких соратников чеченского президента. Личный состав "абхазского батальона" осуществлял охрану Д. Дудаева.
К началу боевых действий с федеральными войсками под командованием Ш. Басаева находилось около 2 тыс. человек. После разгрома в Ведено в батальоне осталось 200-300 человек. 3 июня 1995 года ракетно-бомбовым ударом был уничтожен дом дяди Басаева - Хасмагомеда Басаева, в результате чего погибли 12 родственников Ш. Басаева, в том числе родная сестра Зинаида (1964 г.р.) и семеро детей.
14 июня 1995 года Басаев во главе отряда численностью до 200 человек начал проведение террористической акции в Буденновске Ставропольского края. Это привело к большим жертвам среди мирного населения, были взяты заложники. По мнению многих источников, теракт в Буденновске был местью за гибель близких. Подробности операции Басаев огласил за несколько часов до её начала. Маршрут движения бандгруппы предположительно пролегал через Веденский р-н - Новогрозненский, территорию Дагестана, Ставропольский край.
