Занятые советскими войсками в 1939–1940 годах Прибалтика, западные районы Белоруссии, Молдавия, Западная Украина большую часть войны никак не были связаны с СССР, но им пришлось испытать все тяготы присоединения к Советам. Еще в 1939–1941 годах на этих территориях развивались национальные оппозиционные движения, вызвавшие к жизни сеть вооруженного сопротивления, а значит — ответные преследования и репрессии. Особенно сильным было сопротивление советским войскам на Западной Украине и в Прибалтике.
Первая оккупация Западной Украины в период с сентября 1939 по июнь 1941 года сопровождалась созданием довольно мощной подпольной организации ОУН (Организации украинских националистов), многочисленные члены которой завербовались в части СС для борьбы с евреями и коммунистами. В июле 1944 года после вступления Красной Армии ОУН создала Украинскую Головную Вызвольную Раду. Роман Шухевич, председатель ОУН, стал командующим Украинской повстанческой армии (УПА), которая, если верить украинским источникам, осенью 1944 года насчитывала более 20 000 бойцов. 31 марта 1944 года Берия подписал постановление об аресте и депортации в Красноярский край всех членов семей участников движения ОУН и УПА. С февраля по октябрь 1944 года 100 300 гражданских лиц, в основном женщин, детей и стариков, были высланы с Украины. Что касается 37 000 борцов ОУН, взятых в плен в этот период, то они были отправлены в лагеря ГУЛАГа. После смерти в ноябре 1944 года митрополита Украинской униатской церкви Андрея Шептицкого советская власть заставила эту церковь слиться с Русской православной церковью.
Чтобы подавить на корню всякое сопротивление Советам, агенты НКВД даже направлялись в школы для проверки ученических сочинений довоенного периода, когда Западная Украина была частью «буржуазной» Польши, и составления списка «лиц, которых стоит превентивно арестовать». На первом месте в этих списках стояли наиболее способные ученики, сочтенные «потенциально враждебными советской власти». Как следует из отчета одного из заместителей Берии Кобулова, более 100 000 «дезертиров» и «коллаборационистов» были арестованы в период между сентябрем 1944 и мартом 1945 года в западных районах Белоруссии, находящейся на том же счету, что и Западная Украина, — т. е. считающейся районом, «кишащим вражескими элементами». Не была забыта и Прибалтика: из коротких и очень неполных статистических отчетов следует, что в период с января по 15 марта 1945 года проведено 2257 «операций по чистке» в одной только Литве.
Эти операции сопровождались расстрелом 6000 «бандитов» и арестом 75 000 «бандитов, членов националистических групп и дезертиров». В 1945 году более 38 000 «членов семей социально опасных элементов, бандитов и националистов» были депортированы из Литвы. В течение 1944–1946 годов процент украинцев и прибалтов среди заключенных вырос необычайно, увеличившись соответственно на 140 % и 420 %. В конце 1946 года украинцы представляли 23 % заключенных лагерей, прибалты — 6 %, это очень высокий процент, учитывая представительство этих национальностей в общем числе граждан СССР.
Увеличение контингента ГУЛАГа в 1945 году произошло за счет тысяч лиц, переведенных из фильтрационных лагерей. Эти лагеря создавались одновременно с рабочими лагерями ГУЛАГа с конца 1941 года с единственной целью изоляции советских военнопленных, освободившихся или вырвавшихся из рук врагов и сразу заподозренных в том, что они являются потенциальными шпионами или лицами, «испорченными» своим пребыванием «вне системы». В эти лагеря поступали также люди призывного возраста с территорий, временно оккупированных врагом, не говоря уже о старостах и других «неясных» личностях, живших в период оккупации на занятых врагом территориях и занимавших хотя бы небольшую должность в какой-нибудь вражеской администрации. С января 1942 по октябрь 1944 года более 421 000 человек, судя по официальным данным, прошли через проверочные и фильтрационные лагеря.
