За три года, с июля 1941 по июль 1944 года, специальные суды лагерей приговорили к новым срокам более 148 000 заключенных, из которых 10 858 были расстреляны: 208 человек за шпионаж, 4307 за «различные террористические акты», 6016 за организацию сопротивления или лагерный бунт. По сводкам НКВД, 603 «организации заключенных» были «перемолоты» за годы войны в лагерях ГУЛАГа. Эта цифра должна была подтвердить «бдительность» лагерной охраны, периодически сменявшейся (часть спецвойск, охранявших лагеря, была назначена на другие объекты, в частности, переведена для осуществления облав-депортаций), но верно и то, что в первые годы войны имели место первые групповые побеги из лагерей и первые значительные массовые бунты заключенных.
За годы войны «личный состав» заключенных ГУЛАГа сильно изменился. После указа 12 июля 1941 года более 577 000 человек, осужденных за незначительные преступления, вроде прогулов или мелких хищений, были освобождены и направлены в ряды Красной Армии. В годы войны, по мере того как заключенные отбывали свой срок, их отправляли в армию: 1 068 800 человек из ГУЛАГа попали прямо на фронт. Самые слабые заключенные, наименее приспособленные к безжалостным лагерным условиям — а это 600 000 человек, — умерли в ГУЛАГе только за период 1941–1943 годов, оставались и выживали в лагерях более крепкие, выносливые как среди политических, так и среди уголовников. Лагеря, кроме того, освобождались от множества заключенных, приговоренных к коротким срокам. Таким образом процент приговоренных к длительным срокам (более 8 лет) по 58 статье Уголовного кодекса значительно увеличился — с 27 % до 43 % от общего числа заключенных. Начавшаяся вместе с войной, эта эволюция «лагерного населения» стала более заметной в 1944–1945 годах, т. е. в течение тех двух лет, когда после периода затишья ГУЛАГ вдруг снова стал пополняться: число заключенных подскочило до 45 % между январем 1944 года и январем 1946 года.
