Немецкое наступление первых месяцев войны заставило НКВД эвакуировать большую часть своих тюрем, трудовых колоний и лагерей, которые могли попасть в руки врага. С июля по декабрь 1941 года 210 колоний, 135 тюрем и 27 лагерей, в которых содержались 750 000 заключенных, были переброшены на Восток. Говоря о «деятельности ГУЛАГа в ходе Великой Отечественной войны», начальник ГУЛАГа Наседкин утверждал, что «эвакуация лагерей происходит организованно». Он добавлял также: «Из-за нехватки транспортных средств большинство заключенных были эвакуированы пешком на расстояния, превышающие тысячу километров». Можно себе представить, в каком состоянии заключенные прибыли на место назначения! Если не хватало времени для эвакуации лагерей, как это часто случалось в первые недели войны, заключенных просто расстреливали. Так было, в частности, на Западной Украине, где в конце июня 1941 года НКВД уничтожило 10 000 заключенных во Львове, 1200 в тюрьмах Луцка, 1500 в Станиславе, 500 в Дубно и т. д. Появившиеся там немцы нашли в окрестностях Львова, Житомира и Винницы десятки мест, где были свалены груды трупов. В ответ на «жидовско-большевистскую жестокость» немецкие зондеркоманды поспешили немедленно уничтожить десятки тысяч евреев.
Все донесения администрации ГУЛАГа в 1941–1944 годы признают чудовищное ухудшение условий в лагерях во время войны. Лагеря были перенаселены, «жилая площадь», предоставленная каждому заключенному, упала с 1,5 до 0,7 м2 на человека, и это означало, что заключенные спали на нарах по очереди, койки были роскошью, предназначенной для «ударников труда». В 1942 году «калорийная норма питания» упала на 65 % по сравнению с довоенным уровнем. Заключенные голодали, и в 1942 году тиф и холера снова появились в лагерях; согласно официальным данным, около 19 000 заключенных умерло от них. В 1941 году было зарегистрировано 101 000 смертей в одних только лагерях, не считая колоний, т. е. смертность равнялась 8 %. В 1942 году администрация лагерей ГУЛАГа зарегистрировала 249 000 смертей, т. е. смертность составила 18 % от общего числа заключенных; в 1943 году было зарегистрировано 167 000 смертей, т. е. 17 % от общего числа. Если подсчитать расстрелы заключенных, количество смертей в тюрьмах и трудовых колониях, то общее число смертей в ГУЛАГе за 1941–1943 годы составляет 600 000. Что же касается выживших, то они были в жалком состоянии. Согласно данным администрации, в конце 1942 года только 19 % заключенных были пригодны к тяжелой работе, 11 % — к физической работе «средней нагрузки» и 64 % были пригодны только к «легкому физическому труду», т. е. были инвалидами.
Это, используя эвфемизм администрации ГУЛАГа, «значительно ухудшившееся санитарное состояние контингента» не помешало властям продолжать усиливать давление на заключенных, доводя их до полного истощения. «С 1941 по 1944 год, — как писал в своем отчете начальник ГУЛАГа, — средняя выработка дня увеличилась с 9,5 до 21 рубля». Многие сотни тысяч заключенных назначались на оборонные предприятия, заменяя мобилизованных в армию. Роль ГУЛАГа в военной экономике оказывается весьма значительной. По оценкам лагерной администраций, рабочая сила заключенных могла бы обеспечить около четверти производства в некоторых ключевых секторах оборонной промышленности, металлургии и добычи полезных ископаемых.
Несмотря на «патриотическое поведение» заключенных, из которых «95 % участвовали в социалистическом соревновании», репрессии по отношению к «политическим» не прекращались. Согласно постановлению Центрального комитета от 22 июня 1941 года, лица, осужденные по 58 статье Уголовного кодекса за «контрреволюционные преступления», не могли быть освобождены до конца войны, даже если заканчивался срок наказания. Администрация ГУЛАГа направляла в особые лагеря усиленного режима, расположенные в районах самого тяжелого климата (на Колыме и в Арктике) тех политических заключенных, которые обвинялись в «принадлежности к троцкистской организации» или организации «правых уклонистов», а также осужденных за принадлежность к другой «контрреволюционной партии», за шпионаж, терроризм и предательство. В этих лагерях смертность ежегодно достигала 30 %. Указ от 22 апреля 1943 года узаконил «каторгу усиленного режима», настоящие лагеря смерти, где заключенных эксплуатировали в условиях, не оставляющих им шанса на выживание: изнурительная работа, двенадцатичасовой рабочий день на золотых приисках, в угольных шахтах, на свинцовых рудниках, рудниках по добыче радиоактивных руд, расположенных, в основном, в районе Колымы и Воркуты.
