Начались систематические смещения евреев сначала с ответственных постов, которые они занимали в области культуры, информации, прессы, в издательской деятельности и в медицине. Затем число арестов увеличилось, поразив самые разные социальные круги. Группа «инженеров-вредителей», в большинстве своем лиц еврейской национальности, была арестована на металлургическом комбинате в Сталино и расстреляна 12 августа 1952 года. Другой пример: «за потерю документов, содержащих важные государственные секреты», была арестована 21 января 1949 года и затем приговорена к пяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере жена Молотова Полина Жемчужина, по национальности еврейка, занимавшая ответственный пост в руководстве текстильной промышленностью, а супруга-еврейка личного секретаря Сталина Александра Поскребышева была обвинена в шпионаже и расстреляна в июле 1952 года. Молотов и Поскребышев продолжали служить Сталину как ни в чем не бывало.
Однако следствие по делу Еврейского антифашистского комитета затянулось. Процесс проходил при закрытых дверях, и только в мае 1952 года, через два с половиной года после ареста обвиняемых, ему дали ход. Почему этот процесс шел так долго? Согласно документации, частично уже доступной, это может объясняться двумя причинами: во-первых, одновременно с «делом врачей-убийц» Сталин запустил еще одно, так называемое ленинградское дело, которое велось в строгой тайне, и вместе с делом Еврейского антифашистского комитета должно было, очевидно, стать важным этапом в подготовке новой большой «чистки». Во-вторых, он был озабочен глубокой реорганизацией служб безопасности, что стало ясно после ареста в июле 1951 года Абакумова. Этот арест был направлен и против всемогущего Берии, заместителя Председателя Совета Министров и члена Политбюро. Дело Еврейского антифашистского комитета было также непосредственно связано с делом «врачей-вредителей», а после смерти Сталина оказалось в самом центре борьбы за политическое наследование и раздел сфер влияния.
Из всех сфабрикованных процессов «ленинградское дело», разгром второй по значимости парторганизации Советского Союза и тайный расстрел ее руководителей и по сегодняшний день остается самым загадочным. 15 февраля 1949 года Политбюро приняло резолюцию «об антипартийной деятельности Кузнецова, Родионова и Попкова», трех представителей высшего партийного руководства. Все трое были сняты с должностей, а вместе с ними и председатель Госплана СССР Вознесенский, с работы было уволено также большинство членов ленинградского партаппарата. Ленинград в глазах Сталина всегда был подозрительным городом. В августе-сентябре 1949 года все партийные руководители были арестованы по обвинению в «организации антипартийной группы», связанной с «Интеллидженс Сервис». Абакумов начал тогда настоящую охоту на бывших членов ленинградской парторганизации, работавших на ответственных постах в других городах и республиках. Сотни ленинградских коммунистов были арестованы, а около 2000 просто исключены из партии и уволены с работы. Репрессии приняли ужасающие размеры, коснувшись даже самого города, его недавней истории. Так, в августе 1949 года власти закрыли Музей обороны Ленинграда, созданный в память о героической защите города во время Великой Отечественной войны. Несколько месяцев спустя ЦК партии поручил Михаилу Суслову организацию комиссии по ликвидации музея, которая работала до конца февраля 1953 года.
30 сентября 1950 года начался закрытый судебный процесс над основными обвиняемыми по «ленинградскому делу» — Кузнецовым, Родионовым, Попковым, Вознесенским, Капустиным, Лазутиным. Они были расстреляны на следующий день, буквально через час после оглашения приговора. Дело раскручивалось без какой-либо огласки. О нем не знал никто, даже дочь одного из обвиняемых, невестка Анастаса Микояна, бывшего министром и членом Политбюро! В течение октября 1950 года другие псевдоправедные суды приговорили к смертной казни десятки ответственных работников, когда-то состоявших в Ленинградской партийной организации: Соловьева, первого секретаря Крымского областного комитета партии, Бадаева, второго секретаря Ленинградского областного комитета партии, Вербицкого, второго секретаря Мурманского областного комитета партии, Басова, первого заместителя Председателя Совета Министров РСФСР и других.
