Кроме того, Еврейский антифашистский комитет занялся сбором свидетельств об уничтожении евреев нацистами, а также о «ненормальном отношении к евреям», или, проще говоря, о проявлениях антисемитизма со стороны населения. Они были достаточно многочисленны. Традиционный антисемитизм был по-прежнему силен на Украине и в некоторых западных районах России, в частности, в бывшей «черте оседлости» Российской империи, где евреи, по разрешению царской власти, имели право на проживание. Первые поражения Красной Армии во Второй мировой войне продемонстрировали размах антисемитизма в народной среде. Как указывается в некоторых отчетах НКВД «о состоянии умов в тылу», широкие слои населения легко поддались нацистской пропаганде, согласно которой немцы вели войну не с русскими, а с евреями и коммунистами. В районах, занятых немцами, особенно на Украине, уничтожение евреев с ведома и на глазах у населения не вызвало, кажется, большого возмущения. Немцы сумели завербовать себе в помощь 80 000 украинцев, некоторые из них принимали участие в уничтожении евреев. Чтобы противостоять нацистской пропаганде и мобилизовать единый советский народ на борьбу с врагом, большевистские идеологи с самого начала отказывались признать, что Холокост имел весьма специфический характер. На этой почве развился антисионизм, затем официальный антисемитизм. В августе 1942 года Отдел агитации и пропаганды Центрального комитета распространил для внутреннего пользования записку «О преобладании евреев в артистических, литературных и журналистских кругах».
Деятельность Еврейского антифашистского комитета не могла не вызвать ответную реакцию властей. С начала 1945 года перестали публиковать произведения Переца Маркиша; публикация Черной книги о жестокостях нацистов в отношении евреев также была запрещена. «Основная идея этой книги состоит в том, что немцы воевали с СССР только с целью уничтожения евреев», — так был сформулирован официальный предлог для запрета книги. 12 октября 1946 года министр госбезопасности Абакумов направил в Центральный комитет записку «О националистических проявлениях Еврейского антифашистского комитета». Сталин, намеревавшийся продолжать внешнюю политику, благоприятствующую созданию государства Израиль, не сразу на нее отреагировал. Только после того, как 29 ноября 1947 года СССР проголосовал за план раздела Палестины, Абакумову был открыт путь для ликвидации Комитета.
19 декабря 1947 года некоторые члены этого Комитета были арестованы[39]. Несколько недель спустя, 13 января 1948 года, Соломон Михоэлс был найден убитым в Минске. Согласно официальной версии он стал жертвой несчастного случая: его сбил автомобиль. Еще несколько месяцев спустя, 21 ноября 1948 года Еврейский антифашистский комитет был распущен под предлогом того, что он стал «центром антисоветской пропаганды». Различные его органы были запрещены, в частности, издававшаяся на идиш газета «Эйникайт», с которой сотрудничала еврейская интеллектуальная элита. В последующие несколько недель все члены Комитета были арестованы. В феврале 1949 года пресса открыла «большую кампанию по борьбе с космополитами». Еврейские театральные критики были разгромлены за «невозможность понять национальный русский характер». «Разве какой-нибудь Гурвич или Юзовский могут правильно представить себе национальный русский характер?» — писала газета «Правда» 2 февраля 1949 года. Сотни евреев-интеллигентов были арестованы в Москве и Ленинграде в первые месяцы 1949 года.
В середине 90-х годов журнал «Нева» опубликовал показательный для того времени документ — решение Ленинградского суда от 7 июля 1949 года, в котором Ахилл Григорьевич Ленитон, Илья Зеликович Шерман и Руфь Александровна Зевина приговаривались к десяти годам лагерей. Обвиняемые были признаны виновными в том, что позволили себе в частных беседах «антисоветскую критику резолюции Центрального комитета по поводу журналов «Звезда» и «Ленинград»[40]; и далее: «интернациональные марксистские решения они интерпретировали в контрреволюционном духе (…) и оклеветали политику советского правительства по национальному вопросу». Попытка опротестовать решение не удалась, коллегия Верховного суда только ужесточила прежний приговор: «При вынесении приговора Ленинградский суд не учел всей серьезности содеянного (…). Обвиняемые, пребывая в плену националистических предрассудков, утверждали превосходство одного народа над другими народами Советского Союза и тем самым вели контрреволюционную пропаганду». Срок заключения был увеличен до 25 лет.