Движение басмачей было стихийным восстанием, поднявшимся против «неверных», против «русского угнетателя» — старого врага с новым лицом, стремившегося не только заполучить их земли и скот, но также лишить их мусульманской веры. Война по «усмирению» восставших была по сути «колониальной войной». Борьба против басмачей мобилизовала на десять лет значительную часть армии специальных войск ОПТУ, одним из главных отделов которой был восточный. И в настоящее время невозможно даже приблизительно оценить количество жертв этой войны.
Второй большой сектор восточного отдела ОПТУ занимался Закавказьем. В первой половине 20-х годов Дагестан, Грузия и Чечня были более всего затронуты репрессиями. Дагестан противостоял советскому проникновению вплоть до конца 1921 года. Под руководством шейха Узуна-хаджи мусульманское братство Нахбандиса возглавило большое восстание горцев, и борьба приняла характер священной войны против русских захватчиков, длившейся больше года. Некоторые регионы так и не удалось смирить даже ценой массированных бомбардировок и жертв среди гражданского населения, покорились они только в 1923–1924 годах.
В феврале 1921 года, после трех лет независимого существования под властью меньшевистского правительства, Грузия была занята Красной Армией, но осталась, по признанию секретаря компартии большевиков в Закавказье Александра Мясникова, «довольно горячим делом». Партия большевиков здесь, оказалась немногочисленной, за три года после прихода к власти она сумела принять в свои ряды только десять тысяч членов, в то время как ей приходилось противостоять мощному слою антибольшевистски настроенной интеллигенции и знати, а это были сотни тысяч человек, не говоря уже о том, что в организации меньшевиков в Грузии в 1920 году насчитывалось более шестидесяти тысяч членов. Несмотря на террор, организованный всемогущей ЧК Грузии, мало зависимой от Москвы и управляемой молодым руководителем тайной полиции Лаврентием Берия, меньшевистские руководители в изгнании к концу 1922 года сумели организовать совместно с другими антибольшевистскими партиями тайный Комитет независимости Грузии, который подготовил восстание. Начавшись 28 августа 1924 года в маленьком городе Чиатура, это восстание, основными участниками которого были крестьяне из Гурии,[25] охватило за несколько дней пять из двадцати пяти районов Грузии. Но силы были неравны, в оснащение противника входили артиллерия и авиация, и восстание было подавлено за неделю. Серго Орджоникидзе, первый секретарь компартии большевиков в Закавказье, и Лаврентий Берия воспользовались этим восстанием как предлогом для того, чтобы «покончить с меньшевизмом и грузинской знатью». По недавно опубликованным данным, с 29 августа по 5 сентября 1924 года 12 578 человек были расстреляны. Размах репрессий был настолько велик, что вызвал беспокойство Политбюро. Руководители партии направили Орджоникидзе напоминание о том, что существует приказ не устраивать массовых и чересчур многочисленных казней, особенно политических, без специального разрешения Центра. Тем не менее повальные казни продолжались долго. На Пленуме Центрального комитета, собравшемся в октябре 1924 года в Москве, Серго Орджоникидзе «уступил»: «Может быть, мы немного погорячились, но мы не могли иначе!»
Год спустя после грузинского восстания в августе 1924 года новый режим начал обширную операцию по усмирению Чечни, где население не признавало советской власти. С 27 августа по 15 сентября 1925 года войска Красной Армии численностью более десяти тысяч человек, возглавляемые И. Уборевичем, при поддержке специальных частей ОГПУ, предприняли попытку разоружения чеченских партизан, которые особенно прочно удерживали внутренние территории страны. Были схвачены десятки тысяч вооруженных людей, около тысячи «бандитов» арестованы. Сопротивление населения, по признанию зампреда ОГПУ Уншлихта, подавлялось тяжелой артиллерией и бомбардировкой наиболее упорных «бандитских гнезд». По окончании этой новой операции по «усмирению», проводившейся в период, который стали называть «апогеем НЭПа», Уншлихт в докладе руководству страны сделал следующий вывод:
«Как это показал опыт борьбы против басмачей в Туркестане, против бандитов на Украине, в Тамбовской губернии и в других местах, военные репрессии могут быть эффективны только в том случае, когда сразу же следует глубокая советизация всего района».
