В июне 1940 года, сразу же после победного блиц-наступления немецких войск на Францию, советское правительство решило конкретизировать все пункты секретного протокола от 23 августа 1939 года. 14 июня, воспользовавшись «провокацией против советских гарнизонов», оно выдвинуло ультиматум балтийским руководителям, поставив их перед необходимостью сформировать новое правительство, способное гарантировать «честное исполнение договора о взаимопомощи и обуздать противников этого договора». В последующие дни сотни тысяч советских солдат заняли прибалтийские республики. Сталин послал в столицы этих стран своих представителей, которые должны были заняться «советизацией» трех республик: прокурора Вышинского — в Ригу, Жданова — в Таллинн, а одного из руководителей секретных служб Деканозова, заместителя наркома иностранных дел, — в Каунас. Парламенты и местные органы были распущены, а их члены арестованы. Компартия была единственной разрешенной партией, представляющей кандидатов на «выборы», которые прошли 14 и 15 июля 1940 года.
За недели, которые предшествовали этому подобию выборов, НКВД, под руководством генерала Серова, арестовало от 15 000 до 20 000 «враждебных элементов». В одной только Латвии 1480 противников нового режима были наспех расстреляны в начале июля. По окончании выборов парламенты обратились с просьбой о присоединении к СССР, которая, естественно, была «удовлетворена» в начале августа Верховным Советом, провозгласившим рождение трех новых советских социалистических республик. В тот день, 8 августа, когда газета «Правда» писала: «Солнце великой Сталинской конституции отныне согревает своими живительными лучами новые земли и новые народы», — для прибалтов начался период арестов, ссылок и расстрелов.
Архивы сохранили подробности многих операций по депортации социально враждебных элементов из Прибалтики, Молдавии, Западной Белоруссии и Западной Украины, проведенных в мае-июне 1941 года под руководством генерала Серова. В целом 85 716 человек были депортированы в июне 1941 года, из них 25 711 составляли прибалты. В своем докладе от 17 июля 1941 года Меркулов, «человек номер два» в НКВД, подвел итоги балтийской части операции. В ночь с 13 на 14 июня 1941 года были высланы 11 038 членов семей «буржуазных националистов», 3240 членов семей бывших жандармов и полицейских, 7124 члена семей бывших землевладельцев, промышленников, чиновников, 1649 членов семей бывших офицеров и 2907 «прочих». Эта операция была запланирована 16 мая 1941 года, когда Берия направил Сталину свой последний план «операций по чистке районов, недавно включенных в состав СССР, от антисоветских, социально чуждых и преступных элементов». Из доклада Меркулова ясно, что главы семейств были арестованы ранее и, возможно, расстреляны. Операция 13 июня касалась только «членов семей», признанных «социально чуждыми».
Каждая семья имела право на сто килограммов багажа, включая пропитание в течение одного месяца. НКВД не обременял себя обеспечением пропитания во время транспортировки высланных. Эшелоны прибыли в место назначения только в конце июля 1941 года, по большей части в Новосибирскую область и в Казахстан. Некоторые доехали до места ссылки — Алтайского края — только в середине сентября! Можно лишь догадываться, сколько ссыльных, набитых по пятьдесят человек в небольшие вагоны для скота со своими пожитками и едой, прихваченными в ночь ареста, умерло в течение этих шести-двенадцати недель дороги. Другая с размахом задуманная операция была запланирована Берией на ночь с 27 на 28 июня 1941 года. Выбор этой даты подтверждает, что самые высокие государственные руководители совсем не ожидали германского нападения 22 июня. План «Барбаросса» оттянул на несколько лет продолжение «чисток» прибалтийских республик органами НКВД.
Несколько дней спустя после оккупации прибалтийских государств советское правительство направило Румынии ультиматум, требующий «немедленного возвращения СССР Бессарабии», которая была частью бывшей царской империи и упоминалась в секретном советско-германском протоколе от 23 августа 1939 года. Правительство потребовало также передачу СССР Северной Буковины, которая никогда не принадлежала царской империи. Оставленные немцами, румыны подчинились. Буковина и часть Бессарабии были включены в состав Украины, а остальная Бессарабия стала Молдавской Советской Социалистической Республикой, провозглашенной 2 августа 1940 года. В тот же день заместитель Берии Кобулов подписал приказ о депортации 31 699 «антисоветских элементов», живущих на территории Молдавской ССР, и еще 12 191 «антисоветского элемента» из районов Румынии, включенных в состав Украинской ССР. Все эти «элементы» были взяты на учет хорошо отлаженным методом. Накануне, 1 августа 1940 года, Молотов представил Верховному Совету триумфальную картину разрастания Советского Союза при помощи германо-советского пакта («прирост» должен был составить 23 миллиона жителей за один год).
