К этой дате «чистка» новых владений с помощью НКВД продвинулась довольно далеко. Первые, кто попал в поле репрессивных действий, были поляки, многие из которых были высланы как «враждебные элементы». Прежде всего это были помещики и «военные поселенцы» (осадники войсковы), получившие от правительства земельные наделы в пограничных районах как награду за их службу в период советско-польской войны 1920 года. Согласно статистике департамента спецпоселенцев ГУЛАГа, между февралем 1940 и июнем 1941 года только с территорий, вошедших в состав СССР в сентябре 1939 года, 381 000 польских граждан была сослана в спецпоселения Сибири, в район Архангельска, в Казахстан и другие отдаленные регионы СССР. Цифры, зафиксированные польскими историками, значительно выше: депортированных было порядка одного миллиона. Мы не располагаем, к сожалению, никакими точными данными об арестах и депортации граждан, совершенных в период между сентябрем 1939 и январем 1940 года.
В последующий период архивные документы, ставшие сегодня доступными, свидетельствуют о трех больших «чистках-облавах» 9 и 10 февраля, 12 и 13 апреля, 28 и 29 июня 1940 года. Два месяца потребовалось эшелонам, чтобы проследовать в Сибирь, Казахстан или на Крайний Север и вернуться обратно. Из военнопленных поляков только 82 000 из 230 000 пережили лето 1941 года. Потери среди польских спецпоселенцев были также высоки. В августе 1941 года после подписания специального соглашения с польским правительством в изгнании советское правительство «амнистировало» поляков, депортированных начиная с 1939 года, при этом зафиксировано только 243 100 поселенцев, тогда как депортированных в период между февралем 1940 и июнем 1941 года было не менее 381 000. Всего же под амнистию попало 388 000 польских военнопленных, интернированных беженцев и просто гражданских лиц. Многие сотни тысяч исчезли в предыдущие годы. Большое число было казнено под предлогом того, что они являются «разоблаченными заклятыми врагами советской власти».
Среди них, в частности, было 25 700 офицеров и обычных польских граждан, которых Берия в письме, адресованном Сталину 5 марта 1940 года, предложил расстрелять. Частично рвы с расстрелянными поляками были обнаружены немцами в апреле 1943 года в Катынском лесу. В общей «братской могиле» оказались захороненными 4500 польских офицеров. Представители советской власти попытались обвинить в этой бойне немцев, и только в 1992 году во время визита Бориса Ельцина в Варшаву российские власти признали прямую ответственность Сталина и членов Политбюро за ликвидацию польской военной элиты в 1940 году.
Сразу же после аннексии принадлежавших Польше территорий, в соответствии с соглашением, подписанным с нацистской Германией, советское правительство пригласило в Москву глав эстонского, литовского и латышского правительств и навязало им «договоры о взаимной помощи», в силу которых эти страны изъявляли согласие иметь на своей территории военные базы СССР. Сразу же после этого в Эстонию прибыло 25 000 советских солдат, 30 000 обосновались в Латвии и 20 000 в Литве. Введенные войска по численности превышали армии этих стран, пока еще официально независимых. Вторжение советских войск в октябре 1939 года ознаменовало конец независимости стран Балтии. 11 октября Берия отдал приказ «вырвать с корнем все антисоветские и антисоциалистические элементы» в этих странах. С этого момента советские органы увеличили число арестов офицеров, должностных лиц, интеллигенции, — всех «ненадежных», мешающих достижению перспективных советских целей.
