Казаки не любили жить в пожалованном им Трахтемирове, потому что он был на глазах у правительства. Центром казачьих поселений по-прежнему была Запорожская Сечь на Низу. Мелкие острова на днепровских порогах укреплялись валами и засеками, за которыми скрывались пушки и разные военные принадлежности. У казаков были свои знамена и войсковая музыка, состоявшая из трубачей, сурмачей и довбышей, бивших в котлы и барабаны. Весной и летом, между походами, казаки приготовляли суда и лодки или занимались рыболовством, охотою, соляным промыслом. В мирное время они вели также торговлю с татарами и турками в пограничных городах. На зимовку оставались здесь немногие и только для охранения оружия, так как жилья, приспособленного для холодной погоды, не было. Войско делилось на полки. Кроме гетмана или старшого, которого выбирали казаки, начальствовали есаулы, атаманы, сотники. В войсковой канцелярии был писарь. Важные дела решались общим собранием или радой.
В 1613 году прекратилась московская смута, и с этих пор начались опять морские походы казаков. Они подходили на своих больших лодках-чайках под самый Константинополь, грабя и разоряя попутно города и селенья. Турецкий султан ежегодно угрожал войной и посылал войска на границу, а польское правительство, опустошившее совершенно казну на войны с Москвой, не имело даже возможности держать пограничную охрану. В переговорах
Сагайдачный предводительствовал в нескольких удачных морских походах и пользовался славой искусного и храброго полководца. Польскому правительству он оказал услуги в новой войне с Москвой в 1617 году. Он привел под Москву на помощь королевичу Владиславу 20 тысяч казаков. Московское правительство согласилось на разные уступки Польше, и война была прекращена по требованию сейма. Но как только исчезла надобность в казацкой помощи, так возобновились притеснения со стороны правительства. Опять явился Жолкевский с комиссарами и войском, чтобы наводить порядок среди казаков. Он требовал, чтобы казаки сократили войско, сожгли лодки и прекратили совершенно морские походы. Большинству участников московской войны было приказано вернуться в прежнее крепостное состояние. Сагайдачный не хотел доводить до войны, и требования Жолкевского были исполнены. Решено было оставить только три тысячи казаков. Казаки были недовольны податливостью Сагайдачного, и часть их выбрала нового гетмана Бородавку.