На собор приехали и протестовавшие против унии православные — духовные и светские. Собрались представители братств, городов, шляхты, а также князья и аристократы. Во главе последних были князь Острожский с сыном. Униатские владыки, с католическим духовенством и королевскими комиссарами, открыли свои заседания в соборной церкви, а православные собрались в частном доме. После продолжительных совещаний униатские владыки провозгласили унию и предали проклятию все протестующее духовенство. Православные, в свою очередь, прокляли и провозгласили отступниками и отверженными от церкви всех, принимающих унию. Король оставался на стороне униатов. На защиту православия выступили проповедники и духовные писатели и между ними тот же Иоанн Вишенский. Несмотря на свой старинный, не согласующийся с требованиями времени взгляд на просвещение, Вишенский действовал неподкупной искренностью, горячей преданностью вере и, главное, своим заступничеством за угнетаемый народ и бесстрашным обличением угнетателей. В борьбе одерживали верх униаты, так как находились под покровительством короля и властей. Они силой отбирали церкви у православных и отдавали их епископам — униатам, вообще всеми мерами притесняли не подчинявшееся духовенство. Православные пробовали защищать свои права на сеймах, но и это не удавалось им, так как они всегда были в меньшинстве относительно католиков. В Волынской и Киевской землях православные особенно старались противодействовать униатам. Когда король захотел отобрать от православного архимандрита Никифора Тура Печерский монастырь, то киевский воевода Острожский отказался от выполнения королевского указа. Король приказал отнять монастырь силой, но Никифор отстоял его с помощью вооруженного населения. Также отстаивал он с помощью населения и казаков все поместья монастыря. В это время казаки уже определенно являются главной опорой в защите православия, так как число духовных лиц, отстаивавших его, а также аристократов и шляхтичей, имевших право участия и голоса в сеймах, все уменьшается. Униатский митрополит Потей, разгромив православных в Вильне, хотел сделать то же и в Киеве, но его наместник получил предостережение от казачьего гетмана. Ему было прямо сказано, что если он вздумает притеснять местное духовенство, то будет убит казаками. В 1612 году в Киев приезжал греческий митрополит и под защитой казаков освящал церкви и поставлял священников.
