Правительство опасалось сплоченной казацкой силы и не решалось противодействовать ей. Уже не раз приходилось ему усмирять казацкие бунты, особенно сильно проявившиеся в те года, когда проводилась церковная уния. Главной причиной этих бунтов были стеснения, которым подвергалось казачество, вследствие правительственных указов. Но своевольные набеги казаков на турецкие владения грозили Польше серьезными осложнениями. Не раз делались попытки организовать из казаков правильную стражу с постоянным жалованьем, под начальством старшого, назначаемого правительством. Пробовали составлять списки или реестры, но жалованье не выплачивалось, и реестровые казаки возвращались на Низ к вольным. Наконец, Стефан Баторий окончательно утвердил организацию служебных казаков. Чтобы они не сосредоточивались на Запорожском Низу, он отдал им Трахтемировский замок, находившийся выше города Канева на Днепре. Здесь должно было быть их главное сборное место, а в ближайшем древнем монастыре был устроен приют для стариков и изувеченных на войне. Таким реестровым казакам была отдана земля и полагалось жалованье от правительства. Таким образом вольные запорожские казаки были отделены, но они все-таки составляли главную казацкую массу и не переставали быть предметом беспокойства правительства. Стефан Баторий старался неоднократно усмирять низовых казаков и рассылал приказы и киевскому воеводе и пограничным старостам, чтобы они всеми мерами препятствовали своеволию их. Но количество вольных казаков увеличивалось недовольными крестьянами, и они добывали средства к существованию или разбойничьими набегами на турецкие города, или участием в войнах иноземных государей. Все-таки этому энергичному королю удавалось хотя отчасти удерживать казаков от крупных военных походов. После его смерти они сделали подряд несколько набегов на татар и турок и разорили главные невольничьи рынки на Черном море, через которые прошло много русских людей. В отместку за это татары стали опустошать Червонную Русь, а турки грозили Польше немедленной войной. Наконец, в 1590 году сейм постановил окончательно уничтожить самоуправление казаков. Их подчинили коронному гетману и другим начальникам, назначавшимся правительством из польской шляхты. Без согласия и ведома этих начальников никто не мог уходить в казачество. Кроме того, стали строго карать крестьян за побеги. Эти стеснения и вызвали первый бунт под предводительством Косинского. Восстание охватило разом три южно-русские воеводства — Киевское, Брацлавское и Волынское. Отряд, посланный старостами Киевского воеводства, был разбит казаками, разорявшими панские и шляхетские поместья. Они с особенным озлоблением уничтожали попадавшиеся им шляхетские грамоты, как бы желая уничтожить права и привилегии, создающие неравенство между людьми, которого они не хотели признавать. В 1592 году Косинский овладел Киевом, а потом Белой Церковью. Все украинское население встречало его с сочувствием, в городах отворяли ворота, в церквах звонили в колокола. Взяв еще несколько городов, Косинский стал думать об отторжении Руси от Польши. Он не только убивал панов, грабил поместья, брал города и земли, но и заставлял шляхтичей и мещан присягать себе. Первое поражение потерпел Косинский от сына Константина Острожского, Януша. После этого казаки предложили мир и обязались прекратить бунт и сменить Косинского. Оставленный на свободе, Косинский не угомонился, а принялся набирать новый отряд казаков, но был убит в Черкассах, в доме, где остановился.
