Одной из попыток найти самолету новое применение стало использование его в роли штурмовика. Базовой модификацией для этой цели был избран разрабатывавшийся еще с 1940 года Ju.87D, создававшийся под 1400-сильный двигатель Jumo-211J и получивший усиленную защиту экипажа благодаря установке 4–8 мм брони и бронестекла. Самая массовая модификация «штуки» – Ju.87D-3, появившийся к концу 1942 года – получила дополнительное бронирование кабины, защиту маслорадиаторов и бензобаков, при этом сохранив воздушные тормоза. Последующие модификации – D-5 (частично) и D-7 – уже не имели тормозных решеток и использовались преимущественно в качестве штурмовиков. Характерной особенностью стала также установка отстреливаемых – с учетом частых вынужденных посадок – стоек шасси. Ночной штурмовик Ju.87D-7 получил также 1500-сильный мотор Jumo-211P, оборудованный пламегасителями. Штурмовые модификации «штуки» получили и усиленное вооружение – вместо крыльевых пулеметов были установлены 20-мм пушки MG 151/20, кроме того, на крыльевых держателях могли дополнительно подвешиваться контейнеры MG FF с 20-мм пушками или WB-81, в которых устанавливалось по три 7,9-мм пулемета МG 81.
В начале 1943 года на фронте появился специализированный противотанковый штурмовик Ju.87G, оснащенный двумя подкрыльевыми контейнерами с 37-мм пушками BK 3.7, созданными на основе 37-мм зенитной пушки FlaК 18. Однако эффективность «Kanonenvogel» («Птички с пушкой») оказалась гораздо ниже ожидаемой. Пробить броню башни Т-34 подкалиберный снаряд ВК 3,7 мог с дистанции до 180 м, а поразить борт с расстояния до 400 м, при применении бронебойного снаряда дистанция еще более сокращалась, таким образом, на открытие огня у летчика оставалось 1,5–4 секунды, при этом из-за отдачи разнесенных на 4,4 м тяжелых орудий фактически прицельным могли быть лишь один-два выстрела, да и само прицеливание было непростой задачей. Кроме того, вес и габариты пушечных контейнеров существенно сказались на летных данных и уже не позволяли пикировать при углах более 10–12°. Как показали проведенные в в НИИ ВВС СССР испытания, в условиях реального боя вероятность поражения танка Т-34 составляла 2–3 %.
Хотя в качестве примера эффективности Ju.87G часто упоминается имя единственного кавалера высшей награды Третьего рейха – Рыцарского креста с золотыми дубовыми листьями, мечами и бриллиантами – оберста (полковника) Ганса-Ульриха Руделя, которому приписывают уничтожение, помимо прочих целей, 519 советских танков, эти данные вызывают большие сомнения, в частности по причине несоответствия докладов Руделя реальным потерям советских бронетанковых войск. В целом эффективность люфтваффе в борьбе против танков оказалась невысокой – в среднем лишь около 6 % общих потерь советской бронетехники приходится на действия немецкой авиации, включая удары бомбардировщиков. В итоге противотанковые «штуки» поступили на вооружение лишь нескольких штаффелей (аналог советской эскадрильи), а общая численность выпуска составила около 300 машин (в том числе около 100 G-1, переоборудованных из серии D, и 208 построенных G-2). К осени 1944 года Ju.87G оставались в составе лишь одной группы III/SG2 и двух штаффелей 10.(Pz) /SG2 и 10.(Pz) /SG77, а остававшиеся в строю Ju.87 прочих модификаций использовались преимущественно а качестве ночных бомбардировщиков.
В 1944 году выпуск Ju.87 был прекращен. По разным данным, их общая численность достигла от 5700 до 5900 машин, из которых к концу войны в строю оставалось не более 200 самолетов.
Самым массовым бомбардировщиком не только производства «Юнкерс», но и люфтваффе в целом, а кроме того, одним из самых универсальных самолетов боевой авиации Третьего рейха, стал Ju.88.
Прототип бомбардировщика, созданного в соответствии с требованиями выдвинутой в 1935 году спецификации на «schellbomber» – скоростной бомбардировщик, подразумевавшей максимальную скорость до 500 км/ч, – совершил первый полет в декабре 1936 года, а третий опытный образец развил скорость 520 км/ч. В сентябре 1938 года был начат серийный выпуск нового бомбардировщика, к которому в процессе доводки было предъявлено дополнительное требование – возможность бомбометания с пикирования.
Оснащенный двумя 1200-сильными двигателями Jumo-211 серийный бомбардировщик развивал скорость до 450 км/ч, нес до 1800 кг бомб во внутренних бомбоотсеках и на внешней подвеске при взлетном весе 10,4 тонны.
Красноречивым свидетельством достоинств новой машины стали несколько мировых рекордов, установленных ею вскоре после начала серийного выпуска, – самолет без вооружения с небольшими доработками для улучшения аэродинамических характеристик в полете с нагрузкой 2000 кг развил среднюю скорость 514 км/ч на дистанции 1000 км, а затем 498 км/ч в перелете на расстояние 2000 км.
Вооружение изначально состояло из трех 7,9-мм пулеметов МG 81, но впоследствии было существенно увеличено – число огневых точек возросло до семи, либо включало 13-мм пулеметы МG 131, некоторые модификации получили также 20-мм пушку MG FF.