Боевая карьера Ju.88 началась уже в сентябре 1939 года, а в воздушных боях «Битвы за Британию» бомбардировщик принимал уже полномасштабное участие. Самолет широко применялся для ударов не только по сухопутным, но и морским целям, в частности в мае 1941 года Ju.88 отправили на дно Средиземного моря эсминцы «Лайвли» («Lively»), «Киплинг» («Kipling») и «Шакал» («Chacal») и легкий крейсер «Калькутта» («Calcutta»).
В июне 1941 года 412 Ju.88 составили более половины бомбардировщиков люфтваффе, сосредоточенных для удара по СССР. При этом на их долю пришлись и основные потери – по имеющимся данным, уже в первый же день войны они составили 33 машины.
Ju.88 активно применялись во всех крупных операциях вермахта на Восточном фронте. Только в налетах на Москву в 1941 году было задействовано около 130 Ju.88. Одним из основных направлений действий бомбардировщиков на Восточном фронте стала также борьба с северными морскими конвоями. В конце мая 1942 года около 100 бомбардировщиков Ju.88 были привлечены к атакам конвоя РQ-16, в результате которых было потоплено семь кораблей. А в июле 1942 года 115 бомбардировщиков Ju.88 и He.111, совершивших более 200 вылетов, сыграли роковую роль в уничтожении печально известного конвоя РQ-17, потерявшего 22 из 35 транспортов конвоя и 2 вспомогательных судна.
Ju.88, остававшийся в строю до последних дней войны, кроме этого, стал базовой машиной для создания целого ряда боевых машин различного назначения – от торпедоносца Ju.88A/Torp до разведчика и тяжелого истребителя. При этом не прекращалось и совершенствование собственно бомбардировочной модификации – так, Ju.88S получил двигатели BMV-801D мощностью 1440 л.с., благодаря чему скорость увеличилась до 545 км/ч (а в форсированном режиме – до 600 км/ч).
Особое место в этом ряду занял созданный весной 1942 года Ju.88-V44, в серии получивший индекс Ju.188. Самолет отличался увеличенными размахом крыла и площадью хвостового оперения, вооружение состояло из двух пушек МG 151/20. Силовой установкой служили двигатели Jumo-213А-1 или ВMW-801D-2 мощностью 1770 л.с., при этом бомбовая нагрузка увеличилась до 3 тонн. Однако выпуск ограничился 1076 Ju.188, причем большей частью – в качестве разведчиков.
Высокие скоростные данные Ju.88 дали основание задуматься о возможности использовать машину и в качестве истребителя, что привело уже в 1939 году к появлению прототипа истребительной модификации Ju.88С. Изменения конструкции были минимальными – с бомбардировщика сняли тормозные решетки, прицелы и бомбодержатели, а в штурманской кабине установили 20-мм пушку МG FF и три 7,92-мм пулемета МG-17. Первые серийные Ju.88С-2 поступили на вооружение уже в мае 1940 года. Хотя самолет сохранил двигатели Jumo-211 мощностью 1350 л.с., скорость несколько увеличилась, достигнув 490 км/ч. Вместо одного из бомбоотсеков установили дополнительный топливный бак емкостью 1600 литров. В конце 1941 года появилась следующая истребительная модификация – Ju.88С-4, вооружение которой усилилось благодаря установке двух дополнительных пушек МG FF в специальной подфюзеляжной гондоле. Кроме этого, два контейнера с шестью пулеметами МG 15 каждый могли подвешиваться на внешних узлах подвески. Истребительные модификации сохранили и способность нести бомбовую нагрузку, хотя при отсутствии прицельного оборудования точность бомбометания была невысокой.
Всего было построено 62 Ju.88С-2 и 66 Ju.88С-4, применявшихся в основном в качестве ударных самолетов, кроме того, около 250 Ju.88c-6 применялись в Средиземноморье в качестве истребителей-бомбардировщиков.
Увеличение масштабов налетов союзной авиации на территорию Германии в 1943 году заставило руководство Германии пересмотреть отношение к значению тяжелых истребителей, в том числе ночных. С этой целью Ju.88C-6 оборудовали РЛС «Лихтенштейн»: FuG 202, FuG 212 С-1 или FuG-220 SN-2. Часть самолетов Ju.88C-6 дополнительно оснастили парой пушек МG 151/20 в установке «Schräge Musik». Принятые меры достаточно быстро принесли результат: уже 21 января 1944 года при налете на Магдебург бомбардировщики Королевских ВВС Британии потеряли 55 самолетов из 648, 19 февраля над Лейпцигом – 78 из 823, а 30 марта – уже 94 из 795, задействованных в бомбардировке Нюрнберга, причем большую часть сбитых записали на свой счет именно Ju.88C. Потери, превышающие 10 %, вынудили бомбардировочное командование RAF временно приостановить бомбардировки территории Германии.
