Точно известно, что из-за недофинансирования также чуть было не прекратила своего существования и семипалатинская подпольная организация. Только благодаря усилиям поручика И.А. Зубарева- Давыдова, как нельзя вовремя прибывшего в город в качестве официального представителя Западно-Сибирского комиссариата ВПАС и сумевшего вытребовать необходимые средства у местных капиталистов, удалось спасти от полного развала антибольшевистское сопротивление в Семипалатинской области.
Таким образом, в результате всех предварительных мероприятий февраля-марта 1918 г. в подпольном движении Сибири образовалось сразу несколько управленческих структур. Общее политическое руководство на правах полноправных представителей ВПАС осуществляли Западно-Сибирский и Восточно-Сибирский комиссариаты с центрами, соответственно, в Томске и в Иркутске, состоявшие по преимуществу из видных эсеровских функционеров с дореволюционным стажем, имевших богатый опыт нелегальной работы. На местах точно такие же функции общего руководства исполняли городские комиссариаты, комплектовавшиеся главным образом из популярных среди населения земских деятелей или близких им по настроению неформальных лидеров.
Данные комиссариаты, в частности, должны были разработать схему гражданского управления своими территориями на период после свержения советской власти и до возвращения в Сибирь Временного областного правительства. В соответствии с этими планами политическая власть на местах в переходный период передавалась земствам с опорой на революционные партии, исключая, конечно, большевиков. Весьма важным в том же русле представлялось: на волне вооруженного выступления не допустить прихода к власти консервативно настроенных военных, вполне способных, как полагали в комиссариатах, заменить диктатуру красную на диктатуру белую и вновь свести на нет все усилия демократии по установлению на территории Сибири истинного народоправства.
Непосредственное военно-оперативное руководство подпольем осуществляли два отдельных штаба, находившихся опять-таки один в Томске, а другой — в Иркутске. Во главе этих структур, как мы выяснили, оказались видные члены эсеровской партии, достаточно опытные в проведении вооруженных акций прямого действия. Оба главных управленческих аппарата — и политические комиссариаты, и центральные военные штабы — призваны были действовать в тесном контакте между собой и в полном соответствии с инструкциями, поступавшими от Временного правительства автономной Сибири.
Что же касается непосредственно самих боевых групп, то, руководствуясь нормативами дореволюционной подпольной практики, их достаточно серьёзно законспирировали, старались формировать по системе «пятёрок»[165], члены которых знали только друг друга и никого больше, с тем расчётом, чтобы арест кого-нибудь из участников подпольного движения мог привести в самом крайнем случае к потере лишь одной из пятёрок, но не более того. Эти «пятки», как тогда их называли в штабном обиходе, объединялись потом в десятки, десятки — в сотни. Сотенные командиры напрямую подчинялись так называемому начальнику пункта, под пунктами подразумевались, как правило, отдельные сибирские города. В распоряжении каждого такого начальника имелся штаб, который руководил оперативным управлением всех подготовительных мероприятий к восстанию. Начальник пункта и его штаб находились в непосредственном подчинении у руководителей центральных штабов, а те, в свою очередь, — у военного министра ВПАС.
В назначенный час восстания подпольные сотни должны были выйти, наконец, что называется, на свет божий, сформировать батальоны, а в крупных городах — полки и под руководством местного штаба по заранее полученным и отработанным в теории инструкциям начать захват основных стратегических объектов того населённого пункта, где они дислоцировались. Такой схемы придерживались практически все организации, и лишь в некоторых случаях руководство подпольных групп по тем или иным причинам занимало обособленную позицию, не шло на контакт с политическими и военными штабами своих округов, надеясь, видимо, разыграть какую-то отдельную тему во всей этой «игре». Имелись также группы, которые до самого начала антисоветского восстания так и не смогли выйти на связь с руководством подпольных организаций. И те, и другие оставались, как принято говорить в таких случаях, дикими.