Что касается боя в военном городке, то там всё оказалось, по всей видимости, гораздо сложнее. Воинов-интернационалистов (венгров-мадьяр главным образом) не удалось уже застать врасплох, так что противостояние здесь продолжалось в течение нескольких часов, в результате которого небольшая часть красногвардейцев была или убита, или взята в плен, и лишь десяти венграм во главе с Семёном Гершевичем, точно известно, что удалось каким-то образом вырваться из окружения. Они покинули Новониколаевск пешим порядком и направились на юг, в сторону Барнаула. На основании растиражированных во многих исследованиях данных бывшего коммунистического партийного архива Новосибирской области, а также опираясь на обнаруженные нами материалы газеты «Русская речь» (Новониколаевск, № 129 от 18 марта 1919 г.), можно констатировать, что в бою за военный городок погиб ещё один чех и двое получили ранения. О том, что в сражении за Новониколаевск отдали жизни именно два легионера, пишет в своих воспоминаниях и генерал Гайда, он даже называет имена этих чехов: Август Плачи и Фердинанд Шмилауэр.
В то же самое время восставшие заняли почту, телеграф, казначейство и тюрьму, а потом и другие административные здания. В общей сложности вся операция по освобождению Новониколаевска от большевиков продолжалась в течение нескольких часов: в одних источниках — два, в других — шесть, в третьих значится, что она закончилась только к полудню.
В ту же ночь на 26 мая, согласно письменному приказу капитана Гайды, на станции Чулымск (Чулымская) выступил батальон 6-го Ганацкого полка под командованием поручика Чеховского. Сохранилась выдержка из дневника военнослужащего чехокорпуса Антонина Зеленки, принимавшего участие в этой операции:
«Ночь с 25-го до 26 мая 1918 года.
Мы готовимся к выступлению. Около полуночи пришёл приказ тихо одеться, приготовить любое оружие и ждать. У меня не было винтовки, поэтому я вызвался бросать гранаты. В час ночи был отдан приказ начать. Первое, что надо было сделать, — взять в свои руки телефон и захватить станцию, ликвидировать охрану моста, занять дорогу в сторону Омска и Новониколаевска, задержать проходящие поезда, осмотреть станционные склады. Охрана сопротивления не оказала. Собираясь идти на Омск, мы обложили вагоны изнутри мешками с песком. У нас было в общей сложности 150 винтовок. В Чулымской мы выставили охрану моста со стороны Новониколаевска и выехали в 4 часа утра к Барабинску».
Несомненно, очень большой удачей для мятежников в Новониколаевске стал захват в плен четверых руководителей местного исполкома: трёх большевиков — А.И. Петухова[420], Ф.П. Серебренникова и Шмурыгина, а также левого эсера Д.М. Полковникова. Такое удалось чехо-белым в то лето лишь дважды — здесь и ещё в Бийске. В остальных случаях большевистские главари вовремя успевали покинуть мятежные районы, правда, некоторые из них чуть позже всё-таки попадали в плен; происходило это или в ходе специальных мероприятий по их поимке, или просто по несчастливому стечению обстоятельств. Кроме советской верхушки, 26 мая в Новониколаевске были задержаны и некоторые другие сторонники свергнутой власти. Всех их распределили сначала по временным местам заключения (большинство содержалось в одной из казарм военного городка), и только потом, после проведения предварительного расследования, часть из них перевели в тюрьму, а остальных отпустили.