В первые пять лет своего царствования он не посягал прямо на фиванские традиции, но начал строить в Фивах бок о бок с великими храмами большой храм Атону. Недовольство фиванского духовенства вынудило его вступить в открытую борьбу с ним и его богом. Культ Амона был запрещен; вместе с ним подверглась гонению его триада: Мут и Хонсу, а также Птах, Хатхор и некоторые другие боги. Были посланы экспедиции по всему Египту для уничтожения культа Амона и даже самой памяти о нем, для чего в надписях изглаживались имена Амона и других богов (иногда даже множественное число «боги») и заменялось именем Атон. Поднимались на высоту обелисков и спускались в подземелья гробниц, разыскивая и уничтожая ненавистное для царственного богослова имя, не щадя даже имени его отца, ибо оно заключало в себе имя Амона. И собственное свое имя царь отринул, заменив его на Эхнатон, т. е. угодный Атону. Он объявил себя верховным жрецом этого бога и принял гелиопольский титул, равно как и для храма его нашли гелиопольский термин «Дом обелиска», а учение об Атоне царь объявил открытым ему самим Ра. Это учение познал он один и передал его людям, это — «учение жизни», и заключается оно в том, что божество проявляет себя в вещественном солнце, которое является его изображением. Его теплота и свет, изображаемые в виде лучей, оканчивающихся человеческими руками, проникают всю природу до глубины морей и сквозь скорлупу яйца, оживляя и питая всю тварь, которая ликует при его сиянии и подобна мертвой при его удалении с горизонта. Божество не связано с мифологией и географией — оно одинаково близко и египтянам, и инородцам, оно изливает Египту Нил в виде реки, текущей «из преисподней», а сирийцам — в виде дождя с неба. Оно одинаково промышляет о людях всех рас и цветов, ибо цвет кожи обусловлен его волей для различения народов друг от друга. Оно должно быть почитаемо везде, и Эхнатон стал строить ему храмы и за пределами Египта.
Но Фивы были слишком связаны с Амоном и традициями. Царь покинул этот город и основал себе новую столицу в самом средоточии Египта, руководствуясь, по-видимому, исключительно этим, чуждым традиций, соображением — в Гермопольском номе, близ нынешней деревни Телль эль-Амарна. Здесь он отмежевал своему богу участок, ограничив его со всех сторон большими каменными плитами с изображениями себя и своей семьи в молитве перед Атоном, и с надписями, в которых давал обет не покидать этого места. Были заложены великолепные храмы, несколько отличающиеся по расположению от обычных египетских и напоминающие древние храмы богу солнца. С царем переселились и его сподвижники, а также вельможи, искренно или из-за карьерных соображений, принявшие «учение жизни». Они построили себе в новом городе роскошные усадьбы с садами, приготовили гробницы, на стенах которых изобразили и себя награждаемыми царем золотыми ожерельями (в эпоху войн их давали за военные заслуги), и начертали гимны Атону, в которых выразили основы новой религии и которые являются высшим из того, что нам сохранилось от египетской религиозной поэзии. Справедливо их сопоставляют в некоторых отношениях с 103 псалмом. Такое необычайное достижение религиозной мысли сопровождалось не менее замечательным подъемом и в области искусства.