При Дарии I определилась структура персидской администрации в Египте во главе с сатрапом и его резиденцией в Мемфисе. В важнейших пунктах Египта (в Мемфисе, Дафнах и Элефантине) были размещены ахеменидские воинские части: особой преданностью персидскому царю отличались наемники-евреи. В то же время важную роль в администрации играли египтяне, занимавшие ряд высших должностей. Египет считался одной из самых богатых сатрапий Ахеменидов, вместе с Ливией, Баркой и Киреной (т. е. областями средиземноморского побережья к западу от него), платившей ежегодную дань в размере 700 талантов (более 20 т) серебра.
При Камбисе и Дарии I Египет был второй, кроме Вавилонии, сатрапией, власть персидского царя над которой оформлялась принятием местного царского титула, т. е., в современных понятиях, личной унии. Оно изменилось при преемнике Дария I Ксерксе, в начале правления которого (486–484 гг. до н. э.) в Египте из-за увеличения налогов и угона ремесленников в Персию вспыхнуло восстание. После его подавления Ксеркс не стал принимать статус фараона и тем самым упразднил «личную унию» с Египтом. Политика персов здесь стала более жесткой: по-видимому, именно в это время из египетских храмов было конфисковано и вывезено в Азию большое количество изображений богов и культовой утвари, чтобы лишить египтян ритуального контакта с их богами. Небезынтересно, что среди этих предметов оказалась, похоже, и помещенная в храм бога Атума в Гелиополе статуя почитавшегося египтянами Дария I, найденная в 1972 г. французскими археологами в персидской столице Сузах. С этого времени Египет стремится освободиться от власти Ахеменидов. В 460 г. до н. э. в Дельте Нила начинается восстание некоего Инара, которое было поддержано воевавшими с персами Афинами, но все же к 454 г. оно окончилось неудачей. Похоже, отряды восставших еще долго держались на западе Дельты Нила, а в 404 г. до н. э. правитель Саиса Амиртей (возможно, потомок Инара) возглавил и изгнал персов.
Последние древнеегипетские династии (404–342 гг. до н. э.). Амиртей (404–397 гг. до н. э.) считается единственным правителем XXVIII саисской династии. Вскоре он был низложен и убит, а к власти пришла основанная Неферитом I XXIX династия из г. Мендес в центральной Дельте Нила (397–380 гг. до н. э.). Ее первые цари быстро сменялись на престоле, лишь Акорис правил около 13 лет (392–379 гг. до н. э.), стараясь упрочить собственную власть внутри страны и положение Египта во внешнем мире. Он стремился к союзу с греческими полисами (в частности Спартой), с правителем Саламина Кипрского Эвагором и некоторыми областями Малой Азии, также добивавшимися самостоятельности от персов.
Характерный энтузиазм этого времени по поводу недавнего изгнания персов и восстановления независимости Египта звучит в найденной на территории Карнакского храма так называемой «Стелы Бентреш». Согласно ее тексту, в свое время к Рамсесу II обратился породнившийся с ним царь азиатской страны Бахтан (в ее образе отразились как воспоминания о хеттской державе уже далекого прошлого, так и восприятие главного противника Египта в современности — державы Ахеменидов) с просьбой помочь исцелить свою душевнобольную (обуянную злым духом) дочь Бентреш. Фараон отправляет правителю Бахтана целительную статую фиванского бога Хонсу, и правитель после выздоровления своей дочери решает оставить столь ценное средство для контакта с божеством себе навсегда. Вскоре он видит во сне, как бог Хонсу в обличие сокола покидает свою статую и устремляется в Египет, и после этого решает вернуть ее Рамсесу. В этом рассказе явно звучит воспоминание о недавнем похищении персами культовых статуй и утвари из египетских храмов, а также уверенность в том, что боги, всегда благоволящие к Египту, покинут свои похищенные изображения и оставят в руках врагов Египта лишь мертвый камень и металл.
Вскоре после смерти Акориса к власти в результате переворота приходит уроженец соседнего с Мендесом г. Севеннита Нектанеб I (380–361/0 гг. до н. э.), основавший XXX династию. При Нектанебе I Египет успешно отражает персидское вторжение в 373 г., но в дальнейшем не рискует полагаться только на собственные силы и вступает в союз с греческими государствами Афинами и Спартой. При Нектанебе I продолжается начатое Акорисом строительство в Карнакском храме (к IV в. до н. э. уже во многом утратившим свое влияние, но сохранявшим связь с царской властью), однако еще большее внимание он уделяет местным культовым центрам. Так, он начинает строительство храмовых комплексов богини Хатхор в Дендера (юг Среднего Египта) и богини Исиды на о. Филэ (крайний юг Египта).
