Произвол нового правительства вызвал резкое недовольство в Афинах. В результате, когда выступившему из Фив отряду афинских изгнанников во главе с горячим сторонником демократии Фрасибулом удалось захватить укрепление на границе Аттики с Беотией, к нему стали сбегаться жители окрестных селений, метеки и рабы, и за короткое время отряд Фрасибула увеличился в несколько раз. Вскоре демократы перешли в наступление и смогли занять Пирей. В битве при Мунихии войска тиранов были разбиты, Критий погиб, а его приверженцы бежали в Элевсин. Под давлением основной массы афинского демоса, который жаждал прекращения распрей, произошло примирение умеренных и радикальных демократов. Демократия была восстановлена. Оба антидемократических режима отличались недолговечностью: строй Четырехсот продержался около четырех месяцев, правление Тридцати тиранов — немногим более полугода (с апреля по декабрь 404 г. до н. э.).
Победителем в Пелопоннесской войне вышла более отсталая и в экономическом, и в политическом отношении Спарта. Поражение Афин объясняется прежде всего непрочностью Афинского морского союза, который все более сохранялся силой оружия, и как только она ослабла, союз распался. Этим сумела воспользоваться Спарта, выступившая с демагогическим лозунгом «свободы греков». Свою роль сыграла Персия, которая своими щедрыми субсидиями поспособствовала сухопутной Спарте создать мощный флот.
Пелопоннесская война оказала влияние буквально на все стороны жизни Греции — ее сельское хозяйство, ремесло, торговлю. В ходе войны греки впервые стали использовать наемников, которые в дальнейшем все более заменяли ополчения граждан, что имело далеко идущие последствия. Военные действия переплетались с социальными конфликтами. Один из ярких примеров времени Пелопоннесской войны — события на о. Керкира, где в 427 г. до н. э. началась настоящая гражданская война, в которой демократы и олигархи опирались на силы соответственно Афин и Спарты. «Керкиряне убивали из числа сограждан всех, казавшихся им врагами, обвиняя их в соучастии с теми, кто хотел ниспровергнуть демократию; иные, впрочем, пали жертвою личной вражды, другие были убиты должниками из-за денег, которые они были должны. Вообще смерть царила во всех видах… молящих отрывали от святынь, убивали и подле них; некоторые были замурованы в святилище Диониса и там погибли. До такого ожесточения дошла междоусобная распря. Она показалась тем ужаснее, что проявилась впервые», — так Фукидид завершает свой рассказ.
Следует обратить особое внимание на одно обстоятельство: в разгар борьбы на Керкире обе воюющие стороны посылали на окрестные поля вестников, призывая на свою сторону рабов обещанием свободы. Большинство рабов примкнуло к демократам. Это не единственный случай. В первый период Пелопоннесской войны в 425 г. до н. э. в захваченный афинянами Пилос стали перебегать из Лаконики илоты, так что лакедемоняне опасались, как бы оставшиеся илоты не возмутились против них. Во второй период войны, в 413 г. до н. э., когда спартанцы захватили в Аттике Декелею, к неприятелю переметнулись до 20 тыс. рабов — большая часть ремесленников.
Война расшатала полисную мораль, о чем прозорливо писал Фукидид: «война — учитель насилия». Она лишает людей привычного жизненного уклада и вызывает изменения в повседневной жизни. «Извращено было общепринятое значение слов в применении их к поступкам». По словам Фукидида, она была самой достопримечательной из всех предшествовавших. В целом, Пелопоннесская война стала мощным катализатором тех процессов, которые привели систему независимых полисов к кризису.
Пелопоннесская война послужила своего рода границей между двумя этапами развития греческого общества. После ее окончания в Элладе на короткое время утвердилась гегемония победительницы — Спарты, но это не принесло Греции мира, наоборот, военные столкновения стали происходить чаще и кровопролитнее. Еще не было подписано официальное соглашение о завершении войны, как спартанский полководец Лисандр приступил к наведению «порядка», на полисы обрушился шквал репрессий, казней и конфискаций имущества. Власть в полисах принадлежала спартанским наместникам (гармостам). В годы войны, нуждаясь в денежной помощи Персии, Спарта признала власть царя над греческими городами Малой Азии. Теперь же спартанцы пренебрегли соглашением и попытались распространить свою власть на малоазийские полисы, вмешавшись в борьбу за престолонаследие между двумя сыновьями умершего царя Персии — Артаксерксом и Киром. Последний собрал войско наемников численностью в 10 тыс., преимущественно выходцев из Пелопоннеса, но в одной из битв был убит, а греки в течение долгого времени, преодолевая трудности, пробивались к Черному морю, достигнув его у Синопы (поход ярко описан Ксенофонтом в произведении «Анабасис»).
