Правительство Витте было вынуждено, не дожидаясь завершения работы бесконечно тянувшихся Совещаний по аграрному вопросу, немедленно, не сформулировав определённые направления аграрной политики, отменить выкупные платежи (5 ноября 1905 года). Обстановка в правительстве, искавшем выход из сложившегося революционного положения, не позволяла ему заниматься разработкой долговременных реформ и вынуждала ограничиваться одномоментными мерами. Летом 1905 года аграрные волнения достигли невиданного ранее размаха. Правительство, занятое борьбой с разного рода революционными возмущениями, не имело возможности заниматься ничем, кроме как подавлением наиболее опасных из этих волнений. Пётр Столыпин в это время был губернатором Саратовской губернии, поражённой волнениями более всех других в России. Летом 1905 вышел Манифест об учреждении Государственной думы, а осенью - знаменитый Манифест "Об усовершенствовании государственного порядка", провозгласивший основные гражданские свободы и гарантировавший, что ни один закон не будет принят без одобрения Думы. Весной 1906 года Сергей Витте ушёл в отставку с поста председателя Совета министров. Столыпин был назначен министром внутренних дел. Весной 1906 года учреждены землеустроительные комиссии, но пока что ещё с очень небольшими и плохо продуманными полномочиями. Из указа об учреждении комиссий видно, что правительство ещё не вполне продумало свою аграрную программу. I Дума открылась весной 1906 года. Хотя заседания Думы с самого начала приняли резкий антиправительственный тон, правительство предприняло попытку организовать консультации с большинством Думы о назначении думских лидеров на некоторые министерские должности. Главноуправляющий землеустройством и земледелием Николай Кутлер подготовил правительственный законопроект, предусматривавший (в духе предложений кадетского большинства думы) принудительное отчуждение части помещичьих земель. Все попытки найти общий язык провалились, и Дума была распущена через 3 месяца дня. В тот же день Столыпин был назначен председателем Совета министров с сохранением за ним поста министра внутренних дел. Были назначены выборы во II Думу по тому же избирательному закону. Кутлер ушёл в отставку и перешёл в оппозицию. Аграрные волнения с весны 1906 года возобновились с ещё большей силой, и к моменту роспуска I Думы количество происшествий достигло исторического максимума.
Крестьянские волнения, в некотором количестве происходившие постоянно, заметно усилились в 1904 году. С весны 1905 года волнения усилились настолько, что происходящее уже оценивалось всеми наблюдателями как революция; в июне произошло 346 инцидентов, отмеченных в записях полиции, волнениями было охвачено около 20 % уездов. Волнения, достигая пика в середине лета, уменьшались осенью и почти прекращались зимой. С весны 1906 года волнения возобновились с ещё большей силой, в июне, на пике беспорядков, произошло 527 инцидентов, отмеченных в записях полиции; волнениями было охвачено около половины уездов.
Волнения в самой лёгкой форме имели вид самовольных порубок в принадлежавших помещику лесах. Крестьяне, почти не имевшие леса в составе общинных земель, традиционно были склонны не признавать какое-либо право собственности на леса вообще, и считали плату за пользование частным лесом грабежом.
Более серьёзным видом беспорядков была самовольная запашка помещичьей земли. Так как урожай мог созреть только через определённое время, крестьяне переходили к таким действиям только при уверенности в долговременной безнаказанности. В 1906 году крестьяне засевали помещичью землю в убеждении, что Дума вот-вот примет решение о национализации и безвозмездной передаче крестьянам помещичьих земель.
Ещё более тревожный характер носила так называемая "разборка" имений. Крестьяне, собираясь толпой, взламывали запоры и расхищали запасы зерновых семян, скот и сельскохозяйственный инвентарь имения, после чего в некоторых случаях поджигали хозяйственные постройки. Крестьяне, как правило, не разграбляли домашнее имущество помещиков и не уничтожали сами помещичьи дома, признавая в данном случае собственность помещиков на все, что не относилось к сельскому хозяйству.
Насилия и убийства по отношению к помещикам и их представителям были достаточно редкими, прежде всего потому, что большинство помещиков покинуло имения до беспорядков.
Наконец, в самых крайних случаях дело доходило до поджогов имений и насилия по отношению к прибывшим на место волнения силам полицейской стражи или войскам. Действовавшие на тот момент правила применения оружия при массовых беспорядках разрешали войскам открывать стрельбу до начала какого-либо насилия со стороны толпы, эффективными способами разгона толпы без стрельбы на поражение ни полиция, ни войска не владели; результатом были многочисленные инциденты с ранеными и убитыми.