Весной следующего года Шифф совершил короткую поездку по Египту и Палестине. В Египте он встретился с Рейснером, который поведал, что хочет оставить свою работу на правительство Египта и в 1909 г. будет свободен. Летом 1908 г. Лайон совершил пробные раскопки; ему удалось обнаружить большую лестницу и большой алтарь с торсом замечательной статуи у его подножия, а также другие интересные археологические объекты. Такое сочетание обстоятельств вдохновило Шиффа вернуться к первоначальному замыслу. В результате Рейснер организовал экспедицию под прямым покровительством Гарварда.
Работы начались в полевой сезон 1908–1909 гг. Раскопки расширились в 1910 г., когда Рейснер получил помощь Кларенса С. Фишера и Орика Бейтса. На вершине холма был обнаружен старинный дворец, в котором признали дворец Ахава, с многими покрытыми надписями глиняными черепками (остраками), ставшими самыми ранними образцами еврейского письма, которые были открыты к тому времени. То, что раскопки, в ходе которых первоначально были обнаружены артефакты греко-римского периода, углубились в слои значительно более ранние, вызывало огромный интерес Шиффа, и он значительно увеличил сумму пожертвований. Археологам удалось найти большое количество новых материалов, важных как для истории древнееврейской архитектуры, так и для изучения древнееврейского алфавита, что значительно расширило наши познания о древней Палестине.
11 декабря 1910 г. Мейер Салзбергер писал Шиффу о том, что он прослушал лекцию Лайона и понял, насколько важна их работа. Шифф в своем ответе впервые открывает то, что и он участвовал в проекте экспедиции, хотя и сомневался в реальности ее результатов: «До того как экспедиция началась, мне казалось, что результаты, скорее всего, нас разочаруют, ибо, зная, что нашим далеким предкам в Палестине религия запрещала создавать что-либо сравнимое с египтянами или греками, я боялся, что ученые не найдут ничего достойного упоминания. И все же, ведомый надеждой, что возможны хотя бы какие-то находки… я позволил себе участвовать в предприятии и потому испытываю особую радость оттого, что получил от Вас, чьи суждения я так высоко ценю, заверения в том, что игра стоила свеч».
Отрывки из предварительного отчета предлагали сразу же опубликовать, чего Шифф не одобрил, предпочитая дождаться, пока будет готов полный отчет об экспедиции, и издать его должным образом. Ожидалось, что отчет появится в 1911 г., но рукопись задерживалась с доставкой из-за границы. Затем в дело вмешалась война, и публикацию осуществили лишь после смерти Шиффа. Этот монументальный труд в двух красиво переплетенных томах инфолио открывается следующим посвящением:
«Благодарной памяти
Джейкоба Генри Шиффа,
Добропорядочного гражданина,
Филантропа с широчайшим кругом интересов,
Щедрого покровителя науки
И археологических исследований».
Средств на публикацию, которых хватило бы в 1911 г., оказалось недостаточно, и требуемую дополнительную сумму внесли ближайшие родственники Шиффа. Для того чтобы книгу могли приобрести учреждения, которым иначе не хватило бы на это денег, половину тиража, по предложению членов семьи Шиффа, бесплатно распространяли в образовательных и культурных учреждениях по всему миру.
Шифф всерьез относился к обязанностям председателя Семитской комиссии, как, впрочем, и к другим своим обязанностям. В 1910 г. он начал замечать спад в посещаемости музея и снижение интереса к изучению семитской и родственных культур. 25 ноября он написал президенту Гарварда А.Л. Лоуэллу, выражая свое разочарование, особенно ввиду «аппарата, построенного благодаря значительным усилиям и расходам», способным, как он считал, «привлечь в Гарвард большее число студентов и ученых, которые найдут свое призвание в изучении семитской и родственной культур». Последующие несколько лет он продолжал сокрушаться о том, что Семитское отделение не достигло таких успехов, на которые он надеялся.
Его разочарование было вызвано и другими причинами. Он уделял много времени и совершил много поездок в Кембридж, сначала как член, а затем как председатель комиссии, но не нашел в Кембридже такого понимания, на какое он надеялся, хотя комиссию значительно расширили, чтобы «увеличить в Бостоне и его окрестностях количество тех, кто особо интересуется дальнейшим развитием и ростом полезности музея». 14 ноября 1913 г. он писал президенту Лоуэллу: «Я быстро старею, и, будучи связан с Семитским отделением почти четверть века, считаю: прежде чем я уйду, будет лучше заменить меня человеком, при котором работа комитета может продолжаться неопределенное время. Так будет лучше, чем рисковать, что хрупкий цветок семитского образования в Гарварде, который всегда будет нуждаться в уходе, погибнет, когда не станет меня. Однако я слишком сильно заинтересован как в самом Семитском отделении, так и во всем университете, чтобы поступать опрометчиво или во вред им, и потому выражаю желание
