В мае 1897 г. скончался Мораис, а вскоре после него умер и президент совета попечителей Джозеф Блюменталь. Исполняющим обязанности президента стал Адольфус С. Соломоне, известный житель Вашингтона, который почти все свое время проводил в Нью-Йорке. Именно Соломоне привлек внимание Шиффа к необходимости укрепить семинарию. Поскольку до тех пор семинарию поддерживала ассоциация, основанная на добровольных взносах и подписках, а управлял ею совет попечителей, состав которого менялся произвольно, решено было учредить корпорацию и своего рода трастовый фонд, который разумно распоряжался бы средствами. Поэтому в 1901 г., после переписки, дома у Шиффа состоялось совещание, на котором он предложил учредить постоянный фонд для пожертвований и внес туда первый взнос в размере 100 тыс. долларов. Леонард Девисон предложил выделить на те же цели 50 тыс. долларов. Мейер Салзбергер предложил подарить семинарии свою библиотеку. На следующий день Даниэл Гуггенхайм и его братья дали в фонд 50 тыс. долларов. С таким ядром вновь основанная корпорация почувствовала себя достаточно сильной, чтобы предложить слияние предыдущей ассоциации. Так возникла нынешняя Еврейская теологическая семинария Америки.
Реорганизация учебного заведения заняла несколько лет. В числе прочего попечители пригласили деканом Соломона Шехтера, тогда преподавателя средневекового варианта древнееврейского языка в Кембриджском университете в Англии. Шехтер был блестящим ученым и выдающейся личностью, и создатели семинарии возлагали на него большие надежды. В 1899 г. Шифф предложил выделить особые средства с целью привлечения на работу Шехтера. Последний прибыл в Нью-Йорк весной 1902 г.; в его честь Шифф устроил у себя дома торжественный прием. Между ними возникли прочные узы дружбы и привязанности, что не мешало им часто спорить, поскольку оба привыкли откровенно выражать свои взгляды.
Сделав первый дар, Шифф предпринимал другие шаги, доказывающие его внимание к учреждению, с которым он был неразрывно связан, так как его выбрали «пожизненным директором». Он купил участок на Сто двадцать третьей улице, и там за его счет построили здание. Он счел необходимым увеличить ассигнования до 500 тыс. долларов и лично предложил добавить 175 тыс. долларов, которых не хватало до нужной суммы, при условии, что данную сумму можно будет собрать в оговоренный им срок. Сумма была собрана.
Он не ограничивался тем, что предоставлял средства, но постоянно поощрял и стимулировал тех, кто был занят реорганизацией семинарии. Постройка здания требовала его пристального внимания. В переписке с архитектором он призывал не экономить, написав: «Не желаю ничего делать наполовину».
О его почтении к ученым свидетельствует история с приобретением книг и рукописей д-ра Моритца Штейншнейдера в 1898 г. Шифф понял, что Штейншнейдеру, которому шел 83-й год, можно было бы жить гораздо комфортнее при наличии постоянного дохода. Поэтому он договорился купить у Штейншнейдера библиотеку на том условии, что последний будет по-прежнему владеть ею при жизни, а он, Шифф, вступит во владение библиотекой после его смерти. Обсуждая подробности сделки, Шифф 5 октября 1898 г. писал Штейншней-деру: «Поскольку все мы в руках Божиих и может статься, что Вы переживете меня, я предпочел бы решить вопрос как можно скорее».
Он позаботился о следующем условии: какая бы библиотека ни получила собрание книг Штейншнейдера, она должна называться «Коллекцией Штейншнейдера». Именно в таком виде коллекция сейчас входит в библиотеку Еврейской теологической семинарии. В 1914 г. Шифф договорился о покупке большой библиотеки барона Гюнцбурга из Санкт-Петербурга, но начало войны помешало доставке книг, и позже они попали в другие руки.
На свое семидесятилетие, 10 января 1917 г., Шифф раздал ряд щедрых денежных пожертвований. Среди них был дар в 100 тыс. долларов Еврейской теологической семинарии. В то время Шифф писал: «Хотя я предпочел особо не оговаривать этот взнос, должен заявить, что в первую очередь мною двигало желание предоставить семинарии возможность платить сравнительно разумное жалованье профессорско-преподавательскому составу».
