В те тревожные дни Елизавета Фёдоровна не находила себе места. Видя, как переживает дорогой Сергей, она всячески старалась ему помочь — поддержать, успокоить, приободрить. В её голове никак не укладывалась картина происходящего — студенты всегда казались ей благонадёжными, безобидными и симпатичными. Великий князь заботился о их нуждах и когда вместе с женой приезжал на ежегодные университетские акты 12 января (в знаменитый Татьянин день), учащиеся одаривали Елизавету Фёдоровну массой букетов. Затем, по сложившейся традиции, каждый просил у Великой княгини цветок на память и на удачу в экзаменах, так что в конце праздника она оставалась почти с пустыми руками. Что же с ними произошло? Кто их использует и почему бездействует верховная власть? Наконец в один из дней Елизавета решительно взялась за послание Государю. Зная, что серьёзно рискует, поскольку супруг категорически запрещал ей вмешиваться в политику, она, обрисовав (конечно, со слов мужа) те ошибки, что допустило правительство, предостерегала племянника от излишнего доверия царедворцам: «Ты так чист и добр, и не веришь, что кто-то посмеет извлечь выгоду из этой ситуации, но увы! мир так испорчен». Николай II с благодарностью ответил «тете Элле», а вскоре отдельно поблагодарил и «дядю Сергея» — за правильный взгляд, за твёрдость и за преподанный урок. Через несколько месяцев на открытии нового университетского общежития Великокняжеская чета по просьбе студентов сфотографируется в окружении радостной молодёжи.
Но это было лишь началом. С наступлением XX века над Россией вновь стали сгущаться тучи. Медленно, но верно на страну надвигалась грозная опасность, предчувствие которой всё чаще вызывало у Сергея Александровича тяжёлые думы. С горечью в сердце наблюдал он, как разваливается государственный механизм, падает авторитет власти и накаляется политическая обстановка. В первый же год столетия вновь заявил о себе террор. Изгнанная, казалось, раз и навсегда ещё двадцать лет назад кровавая бесовщина явилась теперь в облике эсеровских боевиков и готовилась разгуляться в полную силу. 14 февраля 1901 года в Петербурге террорист-одиночка смертельно ранил министра народного просвещения Н. П. Боголепова. Потрясённый произошедшим, Великий князь поделился размышлениями с братом Павлом: «Нет сильной направляющей воли, как было у Саши (Александра III. —
Одновременно в Москве поднялась новая, ещё более мощная волна студенческих беспорядков, вызвавшая ответные меры полиции. Обстановка накалялась. «Веяния нехорошие, — сообщал Сергей Александрович императору, — проявления прямо революционные — нужно называть вещи их именами, без иллюзий. Время, напоминающее мне скверные времена моей молодости! Твёрдо, круто, смело нужно вести дела, чтобы не скользить дальше по наклонной плоскости». Однако в петербургских кабинетах на дело смотрели иначе, что едва не привело к добровольной отставке московского генерал-губернатора. Когда же всё-таки ему удалось пресечь волнения, в столице случился новый теракт, жертвой которого стал министр внутренних дел Д. С. Сипягин. Этот милый, добрый, глубоко верующий человек был очень симпатичен Николаю II и Сергею Александровичу, высоко ценившим его за твёрдость убеждений и искреннюю преданность. Терять таких людей всегда тяжело. Но причинённая утратой боль могла оказаться для Великого князя ещё большей, ибо, вполне вероятно, до него дошли подробности убийства. Оказалось, что переодетый в военную форму боевик вошёл в здание Государственного совета под видом... адъютанта московского генерал-губернатора! Там, подойдя к Сипягину, он сказал: «Срочный пакет от Его Высочества», — и когда министр протянул руку за конвертом, террорист выхватил револьвер и произвёл выстрел. Жестоко, коварно, цинично...