По убеждению шведского мыслителя, Слово Божье написано от начала до конца через посредство инструментария «Закона Соответствий», и «Небесные тайны» открывают их смысл, давая подробнейшие объяснения 90 глав Библии (книг «Бытие» и «Исход») в их духовном смысле. Этот труд явился самым фундаментальным трудом, в котором были заложены все основы учения, принятого на небе и содержащегося в Слове Божьем. Согласно оценке Соловьёва, у Сведенборга в этом трактате «метод толкования — чисто аллегорический, отличающийся от такого же у церковных писателей лишь своей прямолинейностью и однообразием».
В работе раскрывается внутренний смысл Священного Писания и проясняются многие истины, содержащиеся в Ветхом Завете, которые относятся к Господу, к Церкви и к вере. Сам Сведенборг указывал на то, что христианскому миру до сих пор еще неизвестно, что все в Слове заключает в себе духовные и небесные предметы и что внешний, или буквальный, смысл Слова является только оболочкой. В свою очередь, жизнью и душой Слова является его внутренний, духовный смысл, который невозможно увидеть, привязываясь только к буквальному смыслу.
Согласно Сведенборгу, «например, в первых главах Бытия по буквальному смыслу можно узнать только о Сотворении мира, об эдемском Саде, называемом Раем, и об Адаме как о первом сотворенном человеке. Кто думает о чем-либо ином? Но в дальнейшем будет совершенно ясно, что все это содержит в себе тайны, которые никогда не были открыты. Особенно это видно из того, что в первой главе Бытия во внутреннем смысле… говорится о новом сотворении человека, то есть о его возрождении, а в частности — о Древнейшей Церкви; таким образом, нет ни малейшего выражения, которое не представляло бы, не означало бы и не содержало бы в себе всего этого. Ни один смертный не может знать, что это так, кроме как от Господа».
В «Тайнах» дается подробное объяснение первых библейских книг («Бытие» и «Исход») в их духовном смысле, и раскрываются многие тайны, заключенные в них. Структура этого 8-томного труда, на написание которого Сведенборгу понадобилось 8 лет, проведенных в уединении в пригородном доме, довольно своеобразна. Объяснение внутреннего смысла книг Бытие и Исход следует глава за главой, слово за словом, причем подробное разъяснение каждого стиха предваряется изложением общего смысла всей главы. В начале и в конце каждой главы Сведенборгом ведется последовательное повествование на какую-нибудь отличную от объяснения смысла данной главы тему, причем повествование это продолжается в началах и в концах следующих глав. Таким образом, кроме объяснения внутреннего смысла книг Бытие и Исход в «Тайнах» содержится целый ряд отдельных работ, вкрапленных между главами книги, освещающими различные духовные вопросы.
Сведенборг обращается к Новому Завету: «Все это начало болезней. Тогда будут предавать вас на мучение и убивать вас, и вы будете ненавидимы всеми народами за имя Мое. И тогда соблазнятся многие, и друг друга будут предавать и возненавидят друг друга. И многие лжепророки восстанут и прельстят многих. И по причине умножения беззакония во многих охладеет любовь. Претерпевший же до конца спасется. И проповедано будет сие Евангелие Царствия по всей вселенной, в свидетельство всем народам, и тогда придет конец»
Внутренний, духовный смысл этих слов, согласно Сведенборгу, таков: начало болезней относится к первому состоянию падения Церкви, когда из распрей по предмету о добре и зле явились ереси. Что это само от множества веков извращало Церковь, ясно видно потому, что Церковь в христианстве тоже разделилась по мнениям о добре и истине: падение Церкви началось с давних времен.