К началу лета 1918 г. Сионистская организация (СО) ощутила первые преследования. В Москве была закрыта ежедневная газета на иврите Хаам (Народ). На проходившем тогда же в Петрограде пленарном заседании ЦК СО обсуждался вопрос об отношении к властям. Юлий Бруцкус сказал, что, с одной стороны, действительность требует установления делового контакта с большевиками. С другой стороны, такие контакты могут повредить евреям на отделившихся территориях. Ицхак Гринбаум считал всякие соглашения с большевиками совершенно бесполезными. Вскоре стало очевидно, что пассивная ориентация СО на Англию вызывает враждебность новой власти. В августе 1918 г. в Петрограде был закрыт сионистский орган на идише Унзер Тогблат (Наша ежедневная газета), сменивший в январе того же года ликвидированный большевиками Тогблат. 7 сентября власти закрыли Рассвет, вместо которого с ноября 1918 г. по июль 1919 г. выходил последний легальный сионистский орган Аоника еврейской жизни. Может быть, ивритская и идишистская пресса сионистов были ликвидированы раньше русской потому, что еврейские коммунисты спешили захватить шрифты для своей прессы на идише (с такой целью, например, использовалось конфискованное оборудование типографии Тогблат). Возможно также, что властям просто легче было цензуровать русскоязычные газеты.
Делегация российских сионистов, отправившихся в Париж для участия в работе Политического Бюро партии на Версальской мирной конференции, вначале состояла только из петроградских деятелей. Первым во Францию уехал член Исполкома Всемирной сионистской организации Израиль Розов. В декабре 1918 г. в состав делегации были дополнительно включены Б. Гольдберг, М. Алейников и редактор Рассвета Абрам Идельсон. В марте 1919 г. они покинули Россию. Временный Национальный Совет признал сионистских делегатов частью своей делегации и присоединил к ним еще Мейра Крейнина и Оскара Грузенберга. Председатель Совета Петроградской общины Александр Залкинд был включен в состав делегации сионистов Украины.
Роспуск в июне 1919 г. построенных по национальному принципу еврейских общин и их центрального органа ЦЕВААДа еще более затруднил работу сионистов среди жителей Петрограда, и без того осложненную отъездом партийных лидеров, гонениями на печать и участившимися обвинениями СО в шпионаже в пользу Англии. Для опровержения этих обвинений из Петрограда в Москву ездила делегация ЦК СО. В результате ее встречи с Калининым 21 июля 1919 г. ВЦИК принял постановление, в котором всем советским учреждениям предлагалось не чинить препятствий сионистам, «поскольку культурно-просветительная деятельность сионистских организаций не идет вразрез с постановлениями советской власти». Однако этот с трудом пробитый документ не оградил партию от преследований, и в том же месяце под давлением Евсекции ЦК РКП(б) принял секретное постановление об усилении репрессий против сионистов и об образовании при ВЧК специальной Группы по борьбе с еврейской контрреволюцией. Вследствие этого 1 сентября 1919 г. ВЧК устроила обыск в помещении ЦК СО в Петрограде, опечатала его и конфисковала 120 тыс. руб. Одновременно был проведен обыск в помещении редакции газеты Хроника еврейской жизни. Газета была закрыта, а члены и секретари ЦК Юлиус Бруцкус, Шломо Гепштейн, Арнольд Зейдеман, Александр Раппопорт, Реувен Рубинштейн, Нахум Шахнович арестованы. Раппопорт был освобожден на третий день, Геппггейна продержали в заключении полтора месяца, остальные арестованные были отпущены через месяц. Только через пять месяцев была снята печать с квартиры ЦК.
Постепенно почти все члены ЦК, избранные в 1917 г., покинули Петроград. На их места кооптировали сначала секретаря Мерказа Р.Рубинштейна (он же был секретарем раввина Айзенштадта), а также А.3ейдемана, который вскоре уехал на юг России с целью пробраться в Палестину. Затем в ЦК был введен работник Палестинского отдела Арье-Лейб Слицан, а также Н.Шахнович, Борис Кауфман и Иехошуа-Арье (Лейб) Гуревич, который впоследствии стал центральной фигурой еврейской жизни Ленинграда 20-х.
