В начале новой Русско-шведской войны 1808–1809 годов занял Саволакскую область, а затем защитил город Куопио. Из-за разногласий с главнокомандующим русской армией Ф.Ф Буксгевденом был вынужден покинуть Финляндию. В 1809 году вернулся на театр войны и во главе отдельного отряда совершил переход по льду через Кваркен и на территории самой Швеции захватил город Умео, получив в награду чин генерала от инфантерии. Эта операция во многом побудила Стокгольм заключить мир с Россией.
Барклай де Толли производится в генералы от инфантерии и назначается финляндским генерал-губернатором и командующим Финляндской армии. Спустя меньше года император назначает его главой Военного министерства. Этот пост он занимает с 18 января 1810 года по 24 августа 1812 года, войдя в историю России как военный реформатор.
Военные реформы 1810–1812 годов (незавершенные) начались с подачи новым главой Военного ведомства докладной записке на имя государя «О защите западных пределов России». Она была утверждена императором Александром I и явилась стратегической программой подготовки государства к новой войне с наполеоновской Францией.
На посту военного министра М.Б. Барклай де Толли развивает энергичную деятельность по всесторонней подготовке русской армии к войне с Францией, в чем сомневаться ему не приходилось. Под его руководством составляется «Учреждение для управления Большой действующей армией», которое разрабатывается Комиссией составления воинских уставов под председательством известного математика статс-секретаря М.Л. Магницкого. «Учреждение» стало первым для русской армии положением о полевом руководстве войск.
Затем высочайше утверждаются такие важные уставные документы, как «Учреждение Военного министерства», изменявшее его структуру и функции, «Воинский устав о пехотной службе», «О егерском учении», «О строевой кавалерийской службе». На основании трех последних документов велась боевая подготовка полевых войск к Отечественной войне 1812 года.
В ходе реформ Барклая де Толли улучшается деятельность военной администрации, почти в два раза увеличивается численность русской армии, сооружаются новые крепости (Бобруйская и Динабургская), реконструируются старые крепости (Рижская, Киевская, Динамюндская), создаются провиантские магазины и снарядные парки.
Военный министр составляет собственный план по обороне государства на случай войны с Францией. Его автор считал необходимым уклониться от генерального сражения, отступать в глубь страны и ослаблять неприятеля постоянными атаками (внезапными нападениями) легких частей, прежде всего казачьих сил.
Среди прочего в плане говорилось, что война будет «ужаснейшая по намерениям, единственная по роду своему и важнейшая по последствиям». Документ главы Военного ведомства получил высочайшее одобрение.
Это позволило генералу от инфантерии М.Б. Барклаю де Толли осуществить ряд важных военно-организационных мероприятий не только по увеличению численности полевой армии. Он создал армейские пехотные и кавалерийские корпуса, штабы трех – 1‑й, 2‑й и 3‑й Западных армий, поставленных на прикрытие государственной границы. При этом он находил полное взаимопонимание с императором Александром I, что обеспечивало на высочайшем уровне финансовое решение армейских проблем.
В преддверии наполеоновского нашествия казна империи решала, прежде всего, финансовые проблемы сухопутной армии. За два предвоенных года военные расходы Российского государства составили 205,7 миллионов рублей, что превысило аналогичные расходы за 1807–1809 годы в 1,3 раза. Основная часть военного бюджета шла на содержание армии, ее вооружение, подготовку резервов, создание различных запасов – провианта и фуража, боеприпасов, военного снаряжения.
К началу Отечественной войны 1812 года численность русской армии, благодаря усилиям военного министра М.Б. Барклая де Толли, была доведена до 480 тысяч человек при 1600 орудиях. Она превосходила по числу людей собственно французскую армию, но значительно уступала числом «интернациональной» Великой армии. В русской армии вводится корпусная система. Восемь номерных корпусов составили главные силы 1‑й и 2‑й Западных армий.
Организация русской армии на тот период была более единообразной, чем организационно-штатная структура наполеоновской Великой армии. Это объяснялось в первую очередь тем, что под знаменами Наполеона Бонапарта были собраны войска самых различных по организации европейских армий.
Пехота была гренадерская, пехотная и егерская, состояла из полков и отдельных батальонов. Полк имел два батальона (третий был запасным и его личный состав шел на доукомплектование первых двух). Гвардейский пехотный полк состоял из трех батальонов. Батальон состоял из четырех рот. Численность пехотного батальона определялась в 500–600 человек. Полки соединялись в бригады, по 2 полка в каждой.
Имелись отдельные сводно-гренадерские батальоны. Они формировались из гренадерских рот запасных батальонов и имели по штату 400–500 человек. Сводно-гренадерские и запасные батальоны имели по три роты.