С 1180 г. в Баварии обосновывается династия Виттельсбахов, и Мюнхен становится их резиденцией и столицей Баварии. Эта династия правила в Баварии вплоть до своего свержения в 1918 г. и являлась одной из старейших в Европе.
Наивысшего расцвета Мюнхен достигает в начале 14 в., когда Людовик IV Баварский избирается императором Священной римской империи, а город становится ее столицей и средоточием императорской власти. В этот период в Мюнхене развиваются ремесла и торговля, и он становится крупным средневековым промышленным центром.
Движение Реформации, прокатившееся по всей Германии, не обошло стороной и Баварию. Страна продолжала придерживаться католицизма, одна из немногих в Германии, поэтому она была оккупирована шведскими войсками, стоявшими на стороне реформатов. В 1632 г. Мюнхен был захвачен войсками шведского короля Густава Адольфа и сильно разрушен.
В 1705 г. город вновь был оккупирован австрийскими войсками в ходе войны за Испанское наследство.
Во время наполеоновских войн баварцы не оказывали никакого сопротивления французам, и даже служили во французской армии. За это в 1806 г. Бавария получила от Наполеона статус королевства и оставалась им вплоть до революции 1918 г.
Новый виток истории, продолжающий оказывать влияние на современную жизнь Мюнхена, связан со вступлением на престол баварского короля Людвига I в 1825 г., а затем его внука Людвига II в 1848 г. По случаю женитьбы Людвига I в 1810 г. были устроены грандиозные скачки, которые со временем переросли в традицию празднования ежегодного пивного фестиваля Октоберфест. При этом короле город становится немецкой столицей искусств и застраивается великолепными зданиями в стиле неоренессанса, в 1826 г. в Мюнхене основывается университет.
Королевская семья много времени проводит в своих загородных замках, в одном из которых, замке Нимфенбург, великолепном представителе стиля рококо, и родился будущий король Людвиг II. Все великолепие замкового парка с его каналами, тихими уголками и парковыми павильонами располагало к становлению романтического духа. Людвиг II, «сказочный король», всю жизнь увлекался романтикой рыцарства, результатом этого хобби стали замки, построенные им по всей Баварии, среди которых самым известным является Нойшванштайн, привлекающий в Баварию множество туристов.
Город производит неоднозначное впечатление, ведь именно здесь, на фоне широких улиц и площадей, застроенных великолепными барочными и неоклассическими зданиями, зародился немецкий фашизм, проходили факельные шествия чернорубашечников и печально знаменитая «Хрустальная ночь». Но здания не властны над людьми, и творения баварских архитекторов продолжают радовать глаз своими строгими формами и богатым внутренним содержанием своих дворцов и музеев.
В центре города, внутри бульварного кольца, образованного на месте срытых средневековых крепостных стен, рядом с ратушной площадью стоит старейшая приходская церковь св. Петра, построенная в 14 в. из красного кирпича на месте первого поселения монахов Тегернзейского монастыря. Эта высокая базиликальная с трансептом постройка под красной крышей выделяется двумя башнями с куполами, возвышающимися по углам трансепта. Церковь опоясана галереей, увенчанной мощной квадратной башней и отмечает начало одного из крупнейших городов Германии.
Огромная четырехэтажная Новая ратуша была построена в 19 в. из кирпича и песчаника в стиле брабантской готики по образцу великолепных бельгийских ратуш. Опоясанная открытой арочной галереей и увенчанная квадратной трехъярусной башней с ажурным шпилем, она завершается изящным карнизом с пинаклями. Плоскости стен между большими прямоугольными окнами оживляют ниши со скульптурами под резными балдахинами, отделенными друг от друга контрфорсами с ажурными пинаклями. Изюминкой Мюнхена являются установленные на ратушной башне двухъярусные часы с движущимися фигурками, изображающими рыцарский турнир и танец бочаров, которые несколько раз в день показывают замечательное кукольное представление. Во внутреннем дворе, окруженном многоярусными лоджиями, стоит шестигранная башня с открытыми лестничными площадками винтовой лестницы.
Бульварное кольцо сохранило несколько бывших городских ворот, оставшихся от разрушенных стен. Характерный силуэт самых известных из них, Изарских, создают две восьмигранные башни с коническими завершениями, фланкирующие стену с тремя арками, ведущими в укрепленный двор, сделав эти ворота одним из символов Мюнхена. Над ними доминирует высокая квадратная башня с машикулями, являясь отличным городским ориентиром на пути к ратушной площади.
