Пытки применялись с самого начала, о чем впоследствии свидетельствовали многие тамплиеры: Рыцарь Жеро дю Пассаж заявил под присягой, что бальи Макона пытал его, "подвешивая гири к гениталиям и другим конечностям"; Бернару де Вадо из Альби сожгли ноги до такой степени, что кости выпали; Пьер Брокар, допрошенный в Париже 21 октября, заявил, что "его раздели догола и нестерпимо пытали", и что "те, кто его пытал, были совершенно пьяны"; Жан де Куги показал, что "он не мог сопротивляться пыткам и [что] как только его подвергли им, он во всем признался". Наиболее часто использовались такие методы, как дыба, которая вывихивала суставы, и эстрапад, который заключался в том, что заключенного подтягивали к потолку за связанные за спиной руки, а затем позволяли ему упасть, жестоко останавливая падение. Брат Жак де Саси заявил в 1310 году, что 25 тамплиеров умерли "в результате пыток и страданий". На самом деле их было 36. Более того, условия содержания были крайне суровыми: часто в кандалах, кормили хлебом и водой, унижали и лишали сна и многие признавались еще до пыток. Рыцарь Пьер де Кондерс заявил, что он сломался при одном только виде этих пыточных инструментов.
В этих условиях неудивительно, что признания были быстрыми и массовыми: в Париже из 138 допрошенных только четверо упорно отрицали свою вину; в провинциях из 94 случаев сопротивление также было очень редким. Это тем более удивительно, что арестованные тамплиеры были простыми, относительно пожилыми людьми, которые, по сути, не были воинами и не обладали ни задатками героев, ни склонными к мученичеству: "У нас были пастухи, управляющие, крестьяне, охранник мельницы, мастер-плотник, фермер, виноторговец и пахарь. Одному из пастухов, Паризе де Бурес, на момент ареста было пятьдесят пять лет, а в орден он вступил только в сорок два года; плотнику Эду де Вирмесу было шестьдесят лет, а обеты он принял только шестнадцать лет назад […]". Очевидно, что всех их не набирали в монахи-воины, и сомнительно, что они когда-либо видели мусульман. Согласно 115 показаниям, данным в Париже, где указан возраст допрашиваемого, 69 тамплиеров заявили, что им сорок и более лет. Другому, Готье де Пейну, было восемьдесят лет — поразительное долголетие для средневекового периода, — а священник Альбер де Румеркур стал тамплиером тремя годами ранее, в возрасте шестидесяти семи лет. Средний возраст, согласно этим показаниям, составляет 41–46 лет. Эти люди, в большинстве своем зрелые и в целом мирные, подвергались жестокому обращению и террору со стороны головорезов Ногаре, а в случае сопротивления — пыткам на дыбе. Таково наблюдение, сделанное Малкольмом Барбером в его эпохальном исследовании о суде над тамплиерами.
Поэтому они почти все признались. Но в чем они признались? Прежде всего, они признавались в преступлениях против веры, что делало их отступниками. Во время церемонии посвящения их просили трижды отречься от Бога, в чем признались 105 братьев в Париже, уточнив, что они сделали это устами, а не сердцем. В то же время их заставляли плюнуть на крест, что, по словам 123 рыцарей-монахов, они и сделали, добавив, что плевали специально. Далее следуют непристойности и поощрение содомии: преступлением являлось поцелуй в рот, в пупок, в поясницу или даже в гениталии. 103 брата свидетельствовали об этом, но уточняли, что делали это с отвращением или что нашли предлог, чтобы избежать этого. В 102 случаях опрошенные братья заявили, что им рекомендовали прибегать к гомосексуализму между собой для удовлетворения своих потребностей, но только трое сказали, что действительно сделали это, в частности, сам Жак де Моле. Они добавляли, что в некоторых командованиях несколько человек спали на одной кровати. Наконец, были признания в совершении идолопоклонства: в нескольких командорствах поклонялись изваянной голове бородатого мужчины ужасного вида, нарисованной на балке и украшенной серебряными и золотыми листами. Но эту практику признали только девять тамплиеров.
