В это время Эдуард был занят реорганизацией Аквитании: он рассмотрел феодальные обязательства в Ажене, выдал городские муниципальные хартии, построил укрепления-бастиды, изгнал евреев из герцогства и подготовил масштабную административную реформу, включая установление вознаграждения для служащих и чиновников, борьбу с коррупцией и точное определение соответствующих полномочий сенешаля (политических, судебных и военных) и коннетабля Бордо (финансовых). Для ограничения и регулирования апелляций к парламенту в Париже, прево было поручено следить за ними, а в Сентонже, Перигоре, Лимузене, Керси и Ажене были назначены субсенешаль и прево. Инженер должен был осматривать замки герцогства, а оружейник — следить за их оснащением. Как и везде, финансы были неадекватными: доходы были слишком сложные и слишком разрозненны и явно недостаточны для обеспечения бюджетного баланса герцогства и функционирования администрации. Основные средства поступали от налога на экспорт бордоского вина, но общая его сумма не превышала 12.000 ливров в год. Во время пребывания в Аквитании, с мая 1286 по август 1289 года, расходы Эдуарда превысили его доходы на 110.000 ливров, и король-герцог был вынужден все больше и больше занимать у банкиров Риккарди из Лукки, предоставляя им взамен сбор налогов.
Во время правления Эдуарда в Аквитании было создано около пятидесяти укреплений-бастид, три четверти из них — королем. Главной целью было стимулирование торговли путем увеличения числа центров обмена, пользующихся налоговыми льготами. Они также позволяли контролировать население и лучше обеспечивать порядок и защиту купцов. Это мероприятие не прошло бесследно для сеньоров и аббатств, которые боялись конкуренции со стороны этих новых центров за свои собственные рынки. Названия этих новых городов иногда выдают их английское происхождение, например,
Несмотря на все свои усилия, Эдуарду I было трудно эффективно контролировать этот обширный, сложный и неспокойный регион. Сенешали, прибывавшие из Англии, были незнакомы с местными обычаями, не говоря уже о языке, и совершали много ошибок, которые настраивали население против английской администрации, как, например, Джон де Хаверинг, рыцарь из графства Эссекс, хорошо знавший английское право, но вызвавший кризис в Бордо в 1289 году. Сеньоры были коррумпированы, и на низших уровнях это могло привести к разбойничьим нападениям: в начале 1290-х годов жители острова Олерон бежали, спасаясь от поборов местного бургомистра Ричарда де Винчестера. Результатом всех этих злоупотреблений стало увеличение числа обращений в суд сюзерена — Парижский парламент. Осознавая проблему и желая избежать любой конфронтации с Филиппом, Эдуард назначил в 1289 году королевского лейтенанта (наместника) с полной властью над герцогством, и его выбор был очень мудрым: Морис де Краон, сын сводной сестры Генриха III, наследственный сенешаль Анжу, Мэна и Пуату, знатный французский сеньор и в то же время дипломат на службе английского двора, был подходящим человеком для разрешения любых кризисов между Эдуардом и Филиппом IV. К сожалению, он умер в 1293 году, как раз накануне кризиса.
Именно во время своего пребывания в Аквитании, вероятно, весной 1287 года, Эдуард решил принять крест паломника. Похоже, что это решение было принято после несчастного случая — обрушения пола в замке Бланкефор. Тогда король, тяжело раненный, поклялся отправиться в крестовый поход, назначив дату отъезда на июнь 1293 года, что давало ему шесть лет на подготовку и сбор децима, пожалованного Папой. В этот период он также вступил в контакт с представителями ильхана иранских монголов Аргуна, который присылал ему письма, а также с Филиппом IV в надежде создать союз против египетских мамлюков. Эдуард, вероятно, был искренен, когда объявил о своих планах крестового похода. Но реалии европейской политики не позволили ему осуществить это: в 1287 году снова восстали валлийцы, затем возникла шотландская проблема, и, прежде всего, вскоре обострились отношения с королем Франции.
